宗教控制是統治階級維護專制政體的另一種有效方式。統治者禁教或崇教，都以維護及鞏固專制統治為目的。無論哪一種宗教，有利於統治的就提倡，反之則禁止。各朝提倡與取締的宗教皆不同，如元朝推崇佛教，政府專門設有國師（帝師）掌管全國佛教事務。忽必烈封八思巴為國師，他不僅是吐蕃地區的政教首領，更是全國佛教最高統領。元代統治者打擊道教，除《道德經》外，道教其他經典均被列為偽經，忽必烈下令焚毁偽經，禁止醮祠。但到了明代，道教卻倍受尊寵。朱元璋起兵時利用道教製造輿論，道士為其出謀劃策，建國後，朝廷尊崇道教；明成祖朱棣發兵「靖難」時也得到道教協助，成祖即位後，遂撥鉅資修建道觀。明世宗最尊崇道教，甚至毀佛寺，逐僧人。明太祖朱元璋時期嚴禁彌勒教、白蓮教、明尊教、白雲宗等民間秘密宗教流傳，若有違禁，為首者要被處以絞刑。這可以看出，中國古代君主對宗教的控制是從統治角度出發，利用宗教作為工具，通過宗教來控制人民的思想。

崇教與禁教對於中國古代專制統治者來說，都是控制臣民思想、鞏固專制統治的手段之一。在古代中國流行的宗教，都包含勸人向善、叫人忍受的主張。尤其是佛教，更強調生死輪迴和因果報應，勸諭信眾放棄各種慾望、忍受各種痛苦，要多做善事，逆來順受，這符合統治者愚化臣民，控制、麻醉國民思想的需要。因此，自宗教進入人們的生活領域之後，各朝各代的統治者都注意倚重宗教。當某一種宗教與專制統治相吻合時，統治者就會積極推崇。佛教傳入中國後，對中國原來的宗教信仰產生很大影響。在中國古代史上出現過幾次大規模佞佛潮流。南北朝時期，除了魏太武帝、周武帝曾經滅佛外，其他君主無不佞佛，佛教已儼然成為國教。齊梁時代（公元479－557年），統治者佞佛達致高潮，全國上下形成佞佛潮流。齊高帝、武帝、明帝，以及武帝時的文惠太子和竟陵王，都是著名佛奴。梁武帝更四次捨身同泰寺，每次都要朝官以鉅額金錢（最多達一億萬錢）將他贖回。後來的陳武帝、陳後主也曾捨身佛寺。在統治者崇佛影響下，當時有人描寫佞佛情形：「都下佛寺五百餘所，窮極宏麗；僧尼十餘萬，資產豐沃。所在郡縣，不可勝言。」西夏也崇奉佛教，統治者以佛教為國教。在建國前後四十多年中，西夏至少五次向北宋購買佛經及經帙簽牌等。德明和元昊兩代皇帝都通曉佛學，曾遣使到宋朝的五台山敬佛供僧。在各地大建廟宇，延攬高僧，大力支援佛教寺院。

在中國古代，禁教活動與政治的關係十分密切，禁教是為了維護君主專制統治。古代中國與西方不同，並非政教合一的政體，宗教只是政治的附庸，所以當宗教與世俗政權發生衝突時，宗教力量都會敗北。綜觀中國古代禁教情況，可以發現君主專制政府不但打擊威脅專制統治的民間秘密宗教，也會基於政治需要，打擊佛教、道教、伊斯蘭教及基督教等在社會上具廣泛影響力的宗教，甚至會施以大肆殺戮等高壓手段。此外，由於民間宗教多帶有秘密結社及反政府的取向，所以政府往往嚴施鎮壓。

明末清初，來華天主教在中國傳教時，其教義與中國傳統的禮儀習俗發生衝突，被稱為「禮儀之爭」。從文化層面來說，它反映以基督教為代表的西方文化和中國儒家傳統文化如何相互溝通、融合的問題。但隨着羅馬教廷和康熙皇帝先後介入，爭論漸漸從文化層面轉向政治層面，羅馬教廷試圖藉「禮儀之爭」干預中國教會內部事務，這與康熙想將天主教納入中國政治體制，使其為專制統治服務的主觀願望發生衝突。「禮儀之爭」最終導致康熙晚年下令禁教。從康熙晚年直到嘉慶時期（1796－1820年），清政府一反清初對耶穌會士優容禮遇的態度，採取嚴厲禁教政策，西方傳教士全部被驅逐出境。影響所及，不僅使以傳教士為主要傳播媒介的西學東漸潮流為之斷落，並導致清政府再次頒布禁海令，實行閉關政策，對中西關係乃至中國的發展產生巨大而深遠的影響。康熙禁教，歸根結底，是天主教在傳播過程中，對君主專制政體構成威脅所致。