宗教控制是统治阶级维护专制政体的另一种有效方式。统治者禁教或崇教，都以维护及巩固专制统治为目的。无论哪一种宗教，有利于统治的就提倡，反之则禁止。各朝提倡与取缔的宗教皆不同，如元朝推崇佛教，政府专门设有国师（帝师）掌管全国佛教事务。忽必烈封八思巴为国师，他不仅是吐蕃地区的政教首领，更是全国佛教最高统领。元代统治者打击道教，除《道德经》外，道教其他经典均被列为伪经，忽必烈下令焚毁伪经，禁止醮祠。但到了明代，道教却倍受尊宠。朱元璋起兵时利用道教制造舆论，道士为其出谋划策，建国后，朝廷尊崇道教；明成祖朱棣发兵“靖难”时也得到道教协助，成祖即位后，遂拨巨资修建道观。明世宗最尊崇道教，甚至毁佛寺，逐僧人。明太祖朱元璋时期严禁弥勒教、白莲教、明尊教、白云宗等民间秘密宗教流传，若有违禁，为首者要被处以绞刑。这可以看出，中国古代君主对宗教的控制是从统治角度出发，利用宗教作为工具，通过宗教来控制人民的思想。

崇教与禁教对于中国古代专制统治者来说，都是控制臣民思想、巩固专制统治的手段之一。在古代中国流行的宗教，都包含劝人向善、叫人忍受的主张。尤其是佛教，更强调生死轮回和因果报应，劝谕信众放弃各种欲望、忍受各种痛苦，要多做善事，逆来顺受，这符合统治者愚化臣民，控制、麻醉国民思想的需要。因此，自宗教进入人们的生活领域之后，各朝各代的统治者都注意倚重宗教。当某一种宗教与专制统治相吻合时，统治者就会积极推崇。佛教传入中国后，对中国原来的宗教信仰产生很大影响。在中国古代史上出现过几次大规模佞佛潮流。南北朝时期，除了魏太武帝、周武帝曾经灭佛外，其他君主无不佞佛，佛教已俨然成为国教。齐梁时代（公元479－557年），统治者佞佛达致高潮，全国上下形成佞佛潮流。齐高帝、武帝、明帝，以及武帝时的文惠太子和竟陵王，都是著名佛奴。梁武帝更四次舍身同泰寺，每次都要朝官以巨额金钱（最多达一亿万钱）将他赎回。后来的陈武帝、陈后主也曾舍身佛寺。在统治者崇佛影响下，当时有人描写佞佛情形：“都下佛寺五百余所，穷极宏丽；僧尼十余万，资产丰沃。所在郡县，不可胜言。”西夏也崇奉佛教，统治者以佛教为国教。在建国前后四十多年中，西夏至少五次向北宋购买佛经及经帙签牌等。德明和元昊两代皇帝都通晓佛学，曾遣使到宋朝的五台山敬佛供僧。在各地大建庙宇，延揽高僧，大力支援佛教寺院。

在中国古代，禁教活动与政治的关系十分密切，禁教是为了维护君主专制统治。古代中国与西方不同，并非政教合一的政体，宗教只是政治的附庸，所以当宗教与世俗政权发生冲突时，宗教力量都会败北。综观中国古代禁教情况，可以发现君主专制政府不但打击威胁专制统治的民间秘密宗教，也会基于政治需要，打击佛教、道教、伊斯兰教及基督教等在社会上具广泛影响力的宗教，甚至会施以大肆杀戮等高压手段。此外，由于民间宗教多带有秘密结社及反政府的取向，所以政府往往严施镇压。

明末清初，来华天主教在中国传教时，其教义与中国传统的礼仪习俗发生冲突，被称为“礼仪之争”。从文化层面来说，它反映以基督教为代表的西方文化和中国儒家传统文化如何相互沟通、融合的问题。但随着罗马教廷和康熙皇帝先后介入，争论渐渐从文化层面转向政治层面，罗马教廷试图借“礼仪之争”干预中国教会内部事务，这与康熙想将天主教纳入中国政治体制，使其为专制统治服务的主观愿望发生冲突。“礼仪之争”最终导致康熙晚年下令禁教。从康熙晚年直到嘉庆时期（1796－1820年），清政府一反清初对耶稣会士优容礼遇的态度，采取严厉禁教政策，西方传教士全部被驱逐出境。影响所及，不仅使以传教士为主要传播媒介的西学东渐潮流为之断落，并导致清政府再次颁布禁海令，实行闭关政策，对中西关系乃至中国的发展产生巨大而深远的影响。康熙禁教，归根结底，是天主教在传播过程中，对君主专制政体构成威胁所致。