藏族稱寺院或寺廟為「洲」（Gling）或「貢巴」（Mgon-Pa）。稱為「宮」（Pho-Brang）者，多為行政官員所在地，「布達拉宮」稱為「Pho-Brang-Pu-Ta-La」，說明布達拉宮不是寺廟而是宮殿。布達拉宮由純粹的宮殿轉而成為宮殿、寺廟和行政機構合一的中心，是與西藏實行政教合一的制度有着密切的關係。

宮殿初建時，無疑是吐蕃的皇宮，但在公元八世紀，繼後的吐蕃贊普朗達瑪信仰苯教，反對佛教，乃迫令僧人還俗，火燒佛典。公元842年以後，吐蕃王朝因內亂而崩潰，布達拉宮廢棄不用，分裂混亂的狀況歷時八百年。其間布達拉宮被納入大昭寺，作為其分支佛堂，且屢遭破壞，規模逐漸縮小。至十世紀後期，佛教在藏區復興，眾多教派更陸續在紅山講經說法，顯明了布達拉宮已成為寺廟。十七世紀，五世達賴得到蒙古首領固始汗的支持，建立了「噶丹頗章」王朝。王朝建立之初，地方政府本設在拉薩哲蚌寺，後來因認為不符宗教儀禮，故五世達賴決定重建布達拉宮，並將噶丹頗章從哲蚌寺遷往布達拉宮。至此，歷輩達賴喇嘛都居住在布達拉宮。由於達賴既是宗教領袖，又是地方政府首腦，所以，布達拉宮既是皇宮，同時也可以說是寺廟，但主要的功用仍為政府機構，例如，藏軍指揮部設在宮裏，監獄則在宮殿的腳下。同樣，一些重要的宗教儀式並不在布達拉宮舉行，而是在大昭寺。

宮堡群建築反映了布達拉宮作為政教合一政權王宮的特性，其中紅宮是舉行佛事活動的場所，建築布局和裝飾均重視藏傳佛教的儀軌，宗教氣氛濃厚，諸如刻意在寬闊肅穆的殿堂，於牆體上方裝置較小的採光窗，太陽光形成的光柱在暗背景下強化了殿堂的空間感。白宮則為歷世達賴喇嘛理政和居住的宮殿，樓高7層，包括終日陽光明媚而稱為「東西日光殿」的達賴寢宮，以及經師、攝政的辦公及侍從用房、廚房和倉庫等。