歷代上自皇室官府，下至平民百姓，都重視保管和典藏書籍。早在先秦時期，就有金匱石室之藏，而漢代的天祿石渠、蘭台東觀，唐代的集賢書院，宋代的崇文院，明代的文淵閣、皇史宬都是著名藏書勝地。乾隆在決定網羅天下書籍，編纂《四庫全書》後不久，也未雨綢繆，開始籌劃《四庫全書》修成後的貯藏問題。考慮到《四庫全書》是有史以來最大規模的叢書，計劃纂成後抄寫四部，每部的篇幅、卷帙都十分可觀，要妥善收藏，完整保存，使之流傳後世，必須為其構築專門的藏書樓。因此，乾隆下令仿效浙江寧波天一閣的規制，在宮廷禁地和皇家園林中分別建造四座藏書閣。其後，乾隆在決定增抄三部《四庫全書》的同時，下令在江浙地區各建造三座藏書閣。這樣，北方的內廷四閣和南方的江浙三閣，就成為收藏《四庫全書》的專用藏書閣，為保存和流傳這部大型叢書發揮重要作用。

內廷四閣，指的是北京故宮中的文淵閣、北京西郊圓明園的文源閣、河北熱河（今承德）避暑山莊的文津閣、東北盛京（今瀋陽）故宮的文溯閣。由於它們都位於北方地區，因此又稱為北四閣。這四座藏書樓都是仿效浙江寧波范氏天一閣的基礎上，再參照傳統官式做法，充分考慮建築物的實用功能，綜合各方面因素建造而成。其中，文津閣和文源閣均於乾隆三十九年（1774年）動工興建，第二年夏天先後完成。文淵閣則於乾隆四十年（1775年）開始建造，在一年後完工。文溯閣因遠在關外，在四閣中動工最晚，直至乾隆四十六年（1781年）始建，於乾隆四十七年（1782年）建成。內廷四閣建造完成，不僅為《四庫全書》的典藏提供良好條件，更提升北方地區的文化氛圍。

江浙三閣是指江蘇鎮江的文宗閣、揚州的文匯閣和浙江杭州的文瀾閣。由於它們都位於南方地區，因此又稱為南三閣。這三座藏書樓同樣仿效浙江寧波范氏天一閣建造。鎮江文宗閣和揚州文匯閣分別建成於乾隆四十四年（1779年）及乾隆四十五年（1780年），最初只是收貯朝廷頒發的《古今圖書集成》。後來乾隆決定增抄三部《四庫全書》頒發江浙一帶，這兩座藏書樓也成為收藏《四庫全書》的處所。杭州文瀾閣則是在乾隆四十七年（1782年）後，專為收藏《四庫全書》而建造。與內廷四閣相比，江浙三閣雖然都是乾隆下令興建，也由乾隆親賜其名，但三閣畢竟是地方建築，不僅其規制、格局居於內廷四閣之下，而且其名稱也不具備內廷四閣那樣深奧的涵義和講究。儘管如此，江浙三閣《四庫全書》卻因其具備獨特的閱覽功用（江浙三閣全書是乾隆專為江南士子讀書治學而下令抄寫的），因而在清代學術文化發展史上，發揮內廷四閣所藏的《四庫全書》無法企及的作用。

在《四庫全書》著錄的書籍中，有不少珍本、善本，特別是從《永樂大典》中輯錄出來的圖書，許多都是當時已經散失亡佚、不見流傳的珍貴典籍。為使這些重見天日的珍本秘笈公之於眾，廣泛傳播，乾隆特別下令選擇其中尤為珍貴者加以刊刻，這就是《四庫全書》中的「應刊」書籍。為做好這部分珍貴典籍的刊刻工作，乾隆下令交由武英殿專責辦理，並增派總管內務府大臣金簡經管有關事宜。於是，隨着《四庫全書》纂修工作，武英殿的刻書工作也從乾隆三十八年（1773年）正式開展，直至乾隆五十九年（1794年），主管大臣金簡辭世才結束。在這二十餘年間，武英殿先後刊刻的各種珍本秘笈被彙為《武英殿聚珍版叢書》，至今仍廣受推崇，享有盛名。