历代上自皇室官府，下至平民百姓，都重视保管和典藏书籍。早在先秦时期，就有金匮石室之藏，而汉代的天禄石渠、兰台东观，唐代的集贤书院，宋代的崇文院，明代的文渊阁、皇史宬都是著名藏书胜地。乾隆在决定网罗天下书籍，编纂《四库全书》后不久，也未雨绸缪，开始筹划《四库全书》修成后的贮藏问题。考虑到《四库全书》是有史以来最大规模的丛书，计划纂成后抄写四部，每部的篇幅、卷帙都十分可观，要妥善收藏，完整保存，使之流传后世，必须为其构筑专门的藏书楼。因此，乾隆下令仿效浙江宁波天一阁的规制，在宫廷禁地和皇家园林中分别建造四座藏书阁。其后，乾隆在决定增抄三部《四库全书》的同时，下令在江浙地区各建造三座藏书阁。这样，北方的内廷四阁和南方的江浙三阁，就成为收藏《四库全书》的专用藏书阁，为保存和流传这部大型丛书发挥重要作用。

内廷四阁，指的是北京故宫中的文渊阁、北京西郊圆明园的文源阁、河北热河（今承德）避暑山庄的文津阁、东北盛京（今沈阳）故宫的文溯阁。由于它们都位于北方地区，因此又称为北四阁。这四座藏书楼都是仿效浙江宁波范氏天一阁的基础上，再参照传统官式做法，充分考虑建筑物的实用功能，综合各方面因素建造而成。其中，文津阁和文源阁均于乾隆三十九年（1774年）动工兴建，第二年夏天先后完成。文渊阁则于乾隆四十年（1775年）开始建造，在一年后完工。文溯阁因远在关外，在四阁中动工最晚，直至乾隆四十六年（1781年）始建，于乾隆四十七年（1782年）建成。内廷四阁建造完成，不仅为《四库全书》的典藏提供良好条件，更提升北方地区的文化氛围。

江浙三阁是指江苏镇江的文宗阁、扬州的文汇阁和浙江杭州的文澜阁。由于它们都位于南方地区，因此又称为南三阁。这三座藏书楼同样仿效浙江宁波范氏天一阁建造。镇江文宗阁和扬州文汇阁分别建成于乾隆四十四年（1779年）及乾隆四十五年（1780年），最初只是收贮朝廷颁发的《古今图书集成》。后来乾隆决定增抄三部《四库全书》颁发江浙一带，这两座藏书楼也成为收藏《四库全书》的处所。杭州文澜阁则是在乾隆四十七年（1782年）后，专为收藏《四库全书》而建造。与内廷四阁相比，江浙三阁虽然都是乾隆下令兴建，也由乾隆亲赐其名，但三阁毕竟是地方建筑，不仅其规制、格局居于内廷四阁之下，而且其名称也不具备内廷四阁那样深奥的涵义和讲究。尽管如此，江浙三阁《四库全书》却因其具备独特的阅览功用（江浙三阁全书是乾隆专为江南士子读书治学而下令抄写的），因而在清代学术文化发展史上，发挥内廷四阁所藏的《四库全书》无法企及的作用。

在《四库全书》著录的书籍中，有不少珍本、善本，特别是从《永乐大典》中辑录出来的图书，许多都是当时已经散失亡佚、不见流传的珍贵典籍。为使这些重见天日的珍本秘笈公之于众，广泛传播，乾隆特别下令选择其中尤为珍贵者加以刊刻，这就是《四库全书》中的“应刊”书籍。为做好这部分珍贵典籍的刊刻工作，乾隆下令交由武英殿专责办理，并增派总管内务府大臣金简经管有关事宜。于是，随着《四库全书》纂修工作，武英殿的刻书工作也从乾隆三十八年（1773年）正式开展，直至乾隆五十九年（1794年），主管大臣金简辞世才结束。在这二十余年间，武英殿先后刊刻的各种珍本秘笈被汇为《武英殿聚珍版丛书》，至今仍广受推崇，享有盛名。