明朝建立後，徽州作為首都南京的京畿，經濟、文化、教育得以較好發展，徽墨製作業得以迅速恢復。明代徽墨在生產、經營方式上也呈現出新的特點，特別是明中葉以後，資本主義開始萌芽，出現僱傭勞動的生產方式，同時市場的繁榮使得消費者群體出現多樣化。

徽墨一枝獨秀的局面是從明代以後，伴隨着徽商崛起和強大才開始呈現的。此後「徽墨」漸成為墨的代名詞，代代相傳，延續至今。明代宋應星的《天工開物》中對墨的製作也有較詳細記述，徽州製墨盛況空前。據明沈德符《野獲編》記載，當時「徽人家傳戶習」，「例工製墨」。明末麻三衡《墨志》記載的明代徽州墨工有名者就多達一百二十多位。為了爭奪市場，各家均挖空心思，頻出新招，所製墨品千姿百態、異彩紛呈。

明宣德年間（1425—1435年）徽州休寧墨肆為宮廷特製的龍香御墨，工部胡進言督造，做工極為精細，裝飾圖案工整，墨面圖文清晰醒目，為御墨中的珍品。至於明成化年（1464—1487年）製的龍香御墨，石青色，兩旁塗金龍紋，製法精緻，也是墨中極品。到了正德、嘉靖年間，形成了歙、休、婺三大流派。歙派代表人物有羅小華、程君房、方于魯、方瑞生等，作品端莊儒雅，煙細膠清，重香料、重包裝，幾乎包攬了貢墨和達官顯貴用墨；休派代表人物為汪中山、邵格之、葉玄卿、吳去塵等，作品雅俗共賞，墨品華麗精緻，墨面重彩飾，深受文人墨客喜愛；婺派代表人物詹華山、詹文生等，利用當地盛產松煙的優勢，所製墨品大眾化，價格低廉，深受百姓與學子歡迎。

明代徽墨製作在形式和裝幀上也下足了功夫。丁雲鵬、吳廷羽、俞仲康等著名畫家參與設計；黃鏻、黃應泰、黃應道、黃德時、黃德懋等著名刻工參與墨模雕刻，使徽墨超越了文房實用品而成為具有很高價值的藝術品。在這樣背景下，出現了幾部著名的製墨專著。程君房的《程氏墨苑》一書，記載墨名、墨式有五百餘種之多；方于魯有《方氏墨譜》六卷，收385式，分國寶、國華、博古、博物、法寶、洪寶六類，均為自造墨；還有方瑞生的《墨海》。方氏美蔭堂用多色套印的《方氏墨譜》中的文犀照水墨的圖譜，從精細的線條和嫺熟的刀法可見當時徽州刻工的技藝水準。