明朝建立后，徽州作为首都南京的京畿，经济、文化、教育得以较好发展，徽墨制作业得以迅速恢复。明代徽墨在生产、经营方式上也呈现出新的特点，特别是明中叶以后，资本主义开始萌芽，出现雇佣劳动的生产方式，同时市场的繁荣使得消费者群体出现多样化。

徽墨一枝独秀的局面是从明代以后，伴随着徽商崛起和强大才开始呈现的。此后“徽墨”渐成为墨的代名词，代代相传，延续至今。明代宋应星的《天工开物》中对墨的制作也有较详细记述，徽州制墨盛况空前。据明沈德符《野获编》记载，当时“徽人家传户习”，“例工制墨”。明末麻三衡《墨志》记载的明代徽州墨工有名者就多达一百二十多位。为了争夺市场，各家均挖空心思，频出新招，所制墨品千姿百态、异彩纷呈。

明宣德年间（1425—1435年）徽州休宁墨肆为宫廷特制的龙香御墨，工部胡进言督造，做工极为精细，装饰图案工整，墨面图文清晰醒目，为御墨中的珍品。至于明成化年（1464—1487年）制的龙香御墨，石青色，两旁涂金龙纹，制法精致，也是墨中极品。到了正德、嘉靖年间，形成了歙、休、婺三大流派。歙派代表人物有罗小华、程君房、方于鲁、方瑞生等，作品端庄儒雅，烟细胶清，重香料、重包装，几乎包揽了贡墨和达官显贵用墨；休派代表人物为汪中山、邵格之、叶玄卿、吴去尘等，作品雅俗共赏，墨品华丽精致，墨面重彩饰，深受文人墨客喜爱；婺派代表人物詹华山、詹文生等，利用当地盛产松烟的优势，所制墨品大众化，价格低廉，深受百姓与学子欢迎。

明代徽墨制作在形式和装帧上也下足了功夫。丁云鹏、吴廷羽、俞仲康等著名画家参与设计；黄鏻、黄应泰、黄应道、黄德时、黄德懋等著名刻工参与墨模雕刻，使徽墨超越了文房实用品而成为具有很高价值的艺术品。在这样背景下，出现了几部著名的制墨专著。程君房的《程氏墨苑》一书，记载墨名、墨式有五百余种之多；方于鲁有《方氏墨谱》六卷，收385式，分国宝、国华、博古、博物、法宝、洪宝六类，均为自造墨；还有方瑞生的《墨海》。方氏美荫堂用多色套印的《方氏墨谱》中的文犀照水墨的图谱，从精细的线条和娴熟的刀法可见当时徽州刻工的技艺水准。