佛教故事畫結構多樣，主要有五種：一、主體式單幅畫，表現故事的一個典型情節。二、主體式單幅畫並列組成畫。三、異時同圖單幅畫，即在一個畫面上表現故事不同時間、不同地點的若干情節。四、連環畫，表現有時間、地點、完整的情節的故事畫。畫面排列方法：有順序式（按照故事情節的演變排列）、高潮式（以高潮開頭）和兩頭開始中間結束等。五、屏風畫。如莫高窟早期第275窟《毗楞竭梨王本生》，故事說國王喜好佛法，外道勞度叉說若國王能以身釘千釘，即有大法宣示。畫中正是舉錘釘釘的單幅情節。

因緣故事畫講述的是釋迦牟尼成佛後度化眾生的故事。主要依據是《增一阿含經》、《賢愚經》、《大般涅槃經》、《大方便佛報恩經》、《撰集百緣經》、《法句譬喻經》、《經律異相》等。在敦煌壁畫中常見的故事有：須摩提女請佛、弊狗因緣、沙彌守戒自殺、度化跋提長者及姊、度惡牛緣、五百強盜成佛、微妙比丘尼現身說法、梵志夫婦摘花墜死等。多以單幅主題畫、連環畫形式等出現在早期洞窟壁畫當中。

佛傳故事畫是描述釋迦牟尼佛從入胎、出生、成長、出家、苦修、悟道、降魔、成佛以及涅槃等被神化了的傳記性故事畫，主要依據的經典有：《修行本起經》、《佛說太子瑞應本起經》、《普曜經》、《過去現在因果經》、《佛本行經》、《佛所行贊》、《釋迦普》、《佛本行集經》等。一般是以一個畫面一個故事的形式表現，部分以長卷式連環畫來表現，到了晚期則主要是屏風畫形式。

本生故事畫繪述的是釋迦牟尼佛過去若干世為菩薩時忍辱犧牲、教化眾生、普行六度的種種事跡與善行。其主要依據的經典有：《六度集經》、《大智度論》、《賢愚經》、《菩薩本緣經》、《菩薩本行經》、《菩薩本生鬘經》、《大涅槃經》、《九色鹿經》、《太子須達拏經》、《睒子經》、《大方便佛報恩經》等。

經變畫也稱為「變」或者「變相」。廣義而言，凡依據佛經繪製的圖畫，均可以稱為「變」。今之經變畫有別於佛傳故事畫、本生故事畫、因緣故事畫，也有別於單身尊像畫，而是專指將釋迦牟尼所講的某一部乃至幾部佛經的主要內容組成首尾完整、主次分明、情節明晰的大畫。經變畫自六朝以來就已出現，是敦煌壁畫中最主要部分，多達三十餘種、千餘壁，其中以唐朝、五代、宋最為盛大。

佛教史跡故事畫是表現佛教傳播和佛教歷史的壁畫。主要有佛教在傳播過程中的歷史人物、事件、佛教聖跡、遺跡，靈異感應事跡和瑞象的圖畫。