佛教故事画结构多样，主要有五种：一、主体式单幅画，表现故事的一个典型情节。二、主体式单幅画并列组成画。三、异时同图单幅画，即在一个画面上表现故事不同时间、不同地点的若干情节。四、连环画，表现有时间、地点、完整的情节的故事画。画面排列方法：有顺序式（按照故事情节的演变排列）、高潮式（以高潮开头）和两头开始中间结束等。五、屏风画。如莫高窟早期第275窟《毗楞竭梨王本生》，故事说国王喜好佛法，外道劳度叉说若国王能以身钉千钉，即有大法宣示。画中正是举锤钉钉的单幅情节。

因缘故事画讲述的是释迦牟尼成佛后度化众生的故事。主要依据是《增一阿含经》、《贤愚经》、《大般涅槃经》、《大方便佛报恩经》、《撰集百缘经》、《法句譬喻经》、《经律异相》等。在敦煌壁画中常见的故事有：须摩提女请佛、弊狗因缘、沙弥守戒自杀、度化跋提长者及姊、度恶牛缘、五百强盗成佛、微妙比丘尼现身说法、梵志夫妇摘花坠死等。多以单幅主题画、连环画形式等出现在早期洞窟壁画当中。

佛传故事画是描述释迦牟尼佛从入胎、出生、成长、出家、苦修、悟道、降魔、成佛以及涅槃等被神化了的传记性故事画，主要依据的经典有：《修行本起经》、《佛说太子瑞应本起经》、《普曜经》、《过去现在因果经》、《佛本行经》、《佛所行赞》、《释迦普》、《佛本行集经》等。一般是以一个画面一个故事的形式表现，部分以长卷式连环画来表现，到了晚期则主要是屏风画形式。

本生故事画绘述的是释迦牟尼佛过去若干世为菩萨时忍辱牺牲、教化众生、普行六度的种种事迹与善行。其主要依据的经典有：《六度集经》、《大智度论》、《贤愚经》、《菩萨本缘经》、《菩萨本行经》、《菩萨本生鬘经》、《大涅槃经》、《九色鹿经》、《太子须达拿经》、《睒子经》、《大方便佛报恩经》等。

经变画也称为“变”或者“变相”。广义而言，凡依据佛经绘制的图画，均可以称为“变”。今之经变画有别于佛传故事画、本生故事画、因缘故事画，也有别于单身尊像画，而是专指将释迦牟尼所讲的某一部乃至几部佛经的主要内容组成首尾完整、主次分明、情节明晰的大画。经变画自六朝以来就已出现，是敦煌壁画中最主要部分，多达三十余种、千余壁，其中以唐朝、五代、宋最为盛大。

佛教史迹故事画是表现佛教传播和佛教历史的壁画。主要有佛教在传播过程中的历史人物、事件、佛教圣迹、遗迹，灵异感应事迹和瑞象的图画。