書院的教學內容，可以分成普通文化知識、高深的學術研究、特種知識與技能三大類別，形成與之對應的普通書院、學術型書院、專科類書院。

古代社會的普通文化知識，是指儒家的基本理論與基礎知識。在科舉時代，為了通過考試而必須掌握的知識。家族、鄉村以及州縣兩級的官府書院，都以傳授儒家知識為主要任務，其作用在於維持、推廣、普及儒家思想。

傳播高深知識，研究高深學問的書院，數量較少。歷代學術名家及其有名於時的高足門第主持的書院，以及明清時期的省會書院，歸於此列。它們以培養學術種子為己任。書院還關顧特種知識與技能的教學，出現了醫學、軍事、語言語音、外國語言文字，乃至綜合性學科的專門書院。可見書院的教學內容廣博深厚，舉凡古代社會的知識體系，以至近代西方的科學技能，盡收其中。

書院的教學方法

書院教學的最大特點是遵循因材施教、隨人指授的原則，採用靈活多樣的方式方法。具體而言，有設五經教讀，分齋教誨；有設經、史、理、文四學分校，分門講授；有令學生環聽講書，間日則分班回講；有學生質疑，由學長、經長、堂長而及副講、主洞，逐級遞升等不一而足，而最常見也最有效的則是山長指導下的自學制。

山長的指導，重在傳授學習方法。朱熹提出了循序漸進、熟讀精思、虛心涵泳、切己體察、着緊用力、居敬持志的「讀書六法」，是歷代書院普遍遵守的法則。此外，如元代程端禮的《讀書分年日程》，在開出讀書目錄的同時，亦注重讀書方法的指導，實際上是一個輔導性讀書目錄；清代嶽麓書院山長王文清訂《讀經六法》、《讀史六法》，專論學習經史的方法；康熙年間，李來章著《南陽書院學規》二卷，分為學次序、讀書次序兩部分指導諸生讀書治學，凡此等等，都很有特色。

日記教學法

設立日記，用以記錄、考查學生每天的學習情況，是書院指導自學的有效辦法。日記之法，始於宋代。後世書院因循發揮，使其日臻完善。一般而言，是預設每日功課，刊印日記、日程、日課、功課等簿冊。學生依程學習，按日填記，送交山長查核批改。各家書院，雖操作有些差異，但山長憑日記指授諸生學習，而學生據日記得以「請業請益」之功。

考試與獎懲制度

書院有考試制度對教學情況檢驗評估。其考試從內容可分為德行考核與學業考課兩大類，前者檢查學生的道德品性、日常行為舉止，後者則測試其學業水平。學業考課除一般情況外，還可依考試內容分為經古課、詩課、字課、散課等不同名目，依主考者身份可分為官課、師課兩類，依考試時間可分為甄別、日課、月課、季考、春課、秋課等。

考試之後，要評定優劣，確定升降，給予獎懲。獎勵的形式多樣，有月課獎賞，積分升級，有精神鼓勵，也有物質刺激，而最好的辦法莫過於將優秀之作發院中諸生傳閱並刊刻成書公開發表，它對追求學問的青年學子是莫大鼓勵，可以養成書院濃厚的向學之風與學術氛圍，將學生引入治學成才之路。