大學管理分為宏觀管理與微觀管理兩大部分，前者包括大學外部行政管理，後者包括大學內部行政和學術管理。中國近代大學管理體制以中央集權管理為主導，它經歷創立、發展和改革的演變過程。

大學外部管理機構

1905年廢科舉之前，清政府相繼設立總理各國事務衙門、京師大學堂、學務處作為兼管或專管全國新式教育的行政機關。之後，中央設立學部，下設專門司具體核辦大學堂等各種專門學堂事宜。

1912年1月，南京臨時政府改學部為教育部。其下設專門教育司大學科分管大學教育事務。1925年廣州國民政府組建教育行政委員會。1927年，南京國民政府仿效法國的大學區制，改教育行政委員會為大學院，作為全國最高學術機關和最高教育行政機關；在地方，不設教育廳，分別成立各大學區，作為大學院的下屬機構。1928年10月，國民政府成立教育部，代替大學院的行政功能，其下設高等教育司；另將中央研究院劃出為獨立機構，直屬於國民政府。

新中國建立以來，國家教育行政部門幾經變動。1949年11月成立教育部，下設高等教育司，分管大學教育等事宜。1952年11月，從教育部中分設高等教育部。1958年2月至1966年7月，高等教育部與教育部兩度分合。1970年7月，成立國務院教科組。1975年1月恢復教育部，內設高教一司、高教二司。1985年6月，撤銷教育部，改設國家教育委員會，作為國務院主管教育的綜合部門。1998年3月，恢復教育部，下設高等教育司。此外，中央其他部委及省市興辦的大學，分別由相應部委的管理機構、省市教育廳、高教局管理。

大學內部管理模式

清末，京師大學堂內設分科大學堂，由總監督總管各分科大學事務。分科大學設監督，每科1人，掌管本科的教務、庶務、齋務事宜；其下設提調各1人，分別管理該科功課、師生事務、文案、收支、廚務及宿舍等。

民國初年，大學設校長1人，各科設學長1人。1917年初，蔡元培就任北京大學校長後，倡導學術自由和分權管理。如：成立教授評議會，參與決定學校重大學術問題；設立行政會議，執掌學校行政大權；設立教務處和總務處，分別管理全校的教學、人事和財政工作。

從五十年代開始，大學取消學院制，實行校系兩級行政管理。1956年確定大學實行黨委制，由此建立比較完備的黨委領導體制。由於大學行政包辦校內一切學術管理事務，使教師的學術權力受到嚴重削弱；校級黨政領導機構不斷膨脹，導致大學行政管理效能每況愈下。因此八十年代以來，不斷改革大學內部管理體制。主要措施有：恢復重建大學的學術民主管理機構，普遍設立學術委員會、教師職稱評審委員會、學位委員會等；重建學院制管理模式。