大学管理分为宏观管理与微观管理两大部分，前者包括大学外部行政管理，后者包括大学内部行政和学术管理。中国近代大学管理体制以中央集权管理为主导，它经历创立、发展和改革的演变过程。

大学外部管理机构

1905年废科举之前，清政府相继设立总理各国事务衙门、京师大学堂、学务处作为兼管或专管全国新式教育的行政机关。之后，中央设立学部，下设专门司具体核办大学堂等各种专门学堂事宜。

1912年1月，南京临时政府改学部为教育部。其下设专门教育司大学科分管大学教育事务。1925年广州国民政府组建教育行政委员会。1927年，南京国民政府仿效法国的大学区制，改教育行政委员会为大学院，作为全国最高学术机关和最高教育行政机关；在地方，不设教育厅，分别成立各大学区，作为大学院的下属机构。1928年10月，国民政府成立教育部，代替大学院的行政功能，其下设高等教育司；另将中央研究院划出为独立机构，直属于国民政府。

新中国建立以来，国家教育行政部门几经变动。1949年11月成立教育部，下设高等教育司，分管大学教育等事宜。1952年11月，从教育部中分设高等教育部。1958年2月至1966年7月，高等教育部与教育部两度分合。1970年7月，成立国务院教科组。1975年1月恢复教育部，内设高教一司、高教二司。1985年6月，撤销教育部，改设国家教育委员会，作为国务院主管教育的综合部门。1998年3月，恢复教育部，下设高等教育司。此外，中央其他部委及省市兴办的大学，分别由相应部委的管理机构、省市教育厅、高教局管理。

大学内部管理模式

清末，京师大学堂内设分科大学堂，由总监督总管各分科大学事务。分科大学设监督，每科1人，掌管本科的教务、庶务、斋务事宜；其下设提调各1人，分别管理该科功课、师生事务、文案、收支、厨务及宿舍等。

民国初年，大学设校长1人，各科设学长1人。1917年初，蔡元培就任北京大学校长后，倡导学术自由和分权管理。如：成立教授评议会，参与决定学校重大学术问题；设立行政会议，执掌学校行政大权；设立教务处和总务处，分别管理全校的教学、人事和财政工作。

从五十年代开始，大学取消学院制，实行校系两级行政管理。1956年确定大学实行党委制，由此建立比较完备的党委领导体制。由于大学行政包办校内一切学术管理事务，使教师的学术权力受到严重削弱；校级党政领导机构不断膨胀，导致大学行政管理效能每况愈下。因此八十年代以来，不断改革大学内部管理体制。主要措施有：恢复重建大学的学术民主管理机构，普遍设立学术委员会、教师职称评审委员会、学位委员会等；重建学院制管理模式。