万历三十年（1602年），明神宗朱翊钧下令焚毁李贽的著作，但与明神宗愿望相反的是，不仅李贽著作不断在民间出版流布，而且出现许多托名李贽的著作。李贽的学生汪本钶，将自己保存及搜集到的李贽诗文遗作编为《续焚书》，迅速刊行出版。李贽挚友焦竑为之作序云：“宏甫殇，遗书四出，学者争传诵之。”汪本钶在〈续刻李氏书序〉中云：“海以内无不读先生之书者，无不欲尽先生之书而读之者。”

李贽在小说评点、戏曲评点及诗文创作方面都取得很大成就。他对晚明时代的影响，主要在文艺领域，如汤显祖的戏曲、冯梦龙小说与民歌的创作与编撰，公安派及竟陵派的诗文等，都是李贽思想影响的产物，这些作品既达到很高的艺术水平，又崇真尚奇，表现出鲜明的个性特征。

到了明清易代之际，顾炎武、黄宗羲、王夫之等思想学术大师，他们虽不认同李贽及其学术，甚至把李贽看作是败坏晚明社会风气的罪魁祸首，但全面审视他们的思想渊源可发现，他们的思想中无不是扬弃包含了李贽学术的合理因素。

从社会政治哲学诸方面看，顾炎武、黄宗羲、王夫之都以李贽的“人必有私论”，作为他们“公天下”的社会理想的逻辑起点。顾炎武肯定人民具有“自私自为”的权利，提出“合天下之私以成天下之公”的深刻命题和“众治”原则；黄宗羲认为“有生之初，人各自私，人各自利”，是专制君主剥夺了人们追求其正当利益的权利；李贽对儒家道德伦理至上主义的批判，亦在王夫之的史论中有所表现。至于李贽倡导关心国计民生的“实学”、反对道学心性空谈的思想，更为顾炎武、黄宗羲、王夫之等人所继承和弘扬。

乾嘉时期，李贽的思想仍然发挥影响。著名诗人郑燮在其诗作中讴歌“青春在眼‘童心’热”，“直摅血性为文章”。袁枚更是重新举起晚明公安派“性灵说”的旗帜，正是李贽“童心说”在清中叶文学领域的回归。

清末民初的大思想家严复在他的译著中，为李贽等“名教罪人”鸣不平，通过倡导李贽来宣传反对传统专制思想，要求政治改革的进步思想。严复认为在中国，要开民智、新民德，必自宝爱真理始，而宝爱真理，则必须主张言论自由，因为真理只能在自由地探索和讨论中确立。

到了现当代，李贽研究开始别开生面。侯外庐先生在《中国思想通史》中论述了“李贽的人道主义的平等观和个性说”以及“李贽的反圣教、反道学的战斗思想”，从而充分肯定李贽作为中国早期启蒙思想家的历史地位。张建业先生的《李贽评传》认为，李贽不愧是一位顽强坚定的反压迫、反传统思想的英勇斗士。

综合而言，作为明代杰出思想家、文学家的李贽，挑战“六经”是儒家的离经叛道者；是启蒙思想家，一生传奇，著述等身而名留青史。李贽的学说因其历史的局限而显得过于尖新，也不够严谨和成熟，在二十一世纪的当下，有必要对李贽学说作科学的总结和批判的继承。必须指出，李贽的那种为追求真理而勇于担当与献身的精神，那种敢于解剖社会、揭露社会的丑恶，自觉向着真善美的不懈追求，乃是中华民族志士仁人的可贵素养。继承和发扬这种精神，对于中国当代人文精神的建设，无疑有着非常积极的推动作用。