万历三十年（1602年），朝廷对李贽的迫害，实际上是两年前在湖广对李贽迫害的延续。万历二十八年（1600年）李贽在麻城被驱逐，他居住的芝佛院被人放火烧毁，他所预备的身后埋骨之塔被捣毁，追随他的一批出家人也被逮捕法办。逮捕迫害李贽的是时任湖广按察司佥事、职司兵备的冯应京。

其实，冯应京、李贽都是利玛窦的友人。凭心而论，冯应京本不该迫害李贽。冯应京还是在湖广读到李贽传抄的利玛窦的《交友论》，并为之作序刊刻。但在冯应京的心灵深处，传统伦理道德是至高无上的，他决不能容忍李贽对礼教的亵渎与否定。冯应京本来就视佛教为异端，而李贽又是一个弃官削发的出家人，这一切，激发了冯应京维护礼教、排抵异端的一腔正气。于是他弃朋友之情而不顾，策动了焚毁芝佛院、驱逐李贽的行动。

张问达疏骇李贽，最终导致李贽残死诏狱。其实，李贽在几年前就为自己选择了“荣死诏狱”的最后归宿。万历三十年（1602年）三月十五日，李贽吩咐侍者为他剃头时抢刀自割咽喉，至三月十六日夜子时，李贽在狱中与世长辞。这无疑是晚明时代残痛的历史悲剧！无论李贽，还是迫害他的冯应京、张问达，都只是那个时代道德伦理至上主义的牺牲品。

后来明神宗派宦官充任矿盐税使，搜括民脂民膏，而冯应京因替人民说话，最终获罪下狱，释放后于万历三十四年（1606年）病死，年仅52岁。张问达于天启五年（1625年）遭人弹骇“植党乱政”并有贪赃行为，而被绳之于法，活活气死。看来，以“道德法庭”迫害李贽的冯应京和张问达，最后都未能逃脱同一个“道德法庭”的制裁。所不同的是，李贽觉悟、觉醒了，他要冲决传统道德的藩篱，努力建立一种符合历史时代要求的新价值观，而冯应京、张问达却至死不悔、不悟，这一切不得不令人深思。

李贽力图用自己的双手开启黑暗的闸门，放逐被长久压抑的人们到宽阔光明的地方去，但过于沉重黑暗的闸门却非李贽的双手所能开启，它使李贽感到生命不能承受之重。李贽是必死无疑的：这黑暗的闸门终于在一种必然的、莫名其妙的力量驱动下坠落下来，无情地夺去李贽的生命。

李贽死讯传出后，朝野哗然，通州鼎沸。他的知己焦竑以“金陵同志”名义发布〈荐卓吾疏〉，视李贽为师的汪本钶作〈哭李卓吾先师告文〉、宁州知州方沆〈纪事十绝〉怒斥：“豺狼当道凭谁问，妒杀江湖老秃翁。”兵部侍郎周汝登〈吊李卓吾先生二绝〉悲言：“天下闻名李卓吾，死余白骨暴皇都。”李贽笃友马经纶遵其遗嘱，将李贽安葬在通州城北马厂村西，坟高一丈，周围植白杨百余株。

万历三十八年（1610年），大同巡抚汪可受为李贽墓立碑，又三年，时任平乐府知府詹轸光为之立碑，青石，高2.51米，碑阳文“李卓吾先生墓”为翰林院修撰、太仆寺丞、南京司业焦竑所书，碑阴序及吊诗二首为詹轸光撰写。

如今，李贽墓地坐北朝南，背靠通惠河故道葫芦湖，面临潭碧波，西有假山林木亭台，东有辽代凌云宝塔。约360平方米绿荫遮盖，青砖宝顶，直径2.25米，高1.55米，内置骨坛。十字花墙三面围冢，花池草屏依墙而设。四百多年前的古石碑虽残尚立，庑殿顶碑楼端庄肃穆，桧柏环植四季常青。碑前石阶九级，东西并列两碑，右为1954年迁碑记，左为1983年重迁记，二碑之前居中，立有当代文豪周扬所题“一代宗师”碑，为李贽墓地生色增辉。