1937年全面抗战爆发后，上海、南京等大城市相继失陷。11月27日，蔡元培在亲友陪同下，由上海乘法国邮轮到香港，原拟取道前往西南，主持西迁后的中央研究院，但因年老体弱而稍事居停。当时他七十一岁，又带病在身。他最初住在商务印书馆租用的宿舍里。12月29日，夫人周峻率子女到香港，一家人在九龙柯士甸道156号租屋居住。此后蔡元培在香港两年多的时光，成为了他一生最后的光阴。

身在香港也未忘抗战

蔡元培居港期间，深居简出，但对于抗日活动十分关心，在重大事情上仍尽知识分子的言责。1938年7月，他致电巴黎中国大使馆转李石曾，祝贺国际反对轰炸不设防城市大会召开，呼吁：“务请议定有效办法，实行制止，妇孺老弱幸甚！正义人道幸甚！”9月间，又与郭沫若等代表中国文化界，致电日内瓦国际反侵略运动总会转国联大会主席，指责日本侵略中国，希望对日实施制裁。他一次又一次向国际组织发出呼吁，促请对中国伸出援手，并为《世界教联月刊》撰写发刊词，号召“共致力于和平正义的大业”。

蔡元培为北京大学四十周年题词，强调北京沦陷后，全校南迁，设备或有未周，“他日河山还我，重返故乡，再接再厉，一定有特殊之进步”。他为培英中学的学生刊物题“培英学生”四字，固然是为一校而写，也是他留给香港学生和教育界的纪念，原件仍然保留在该校。他还为儿童节写了一首儿歌，歌词如下：“好儿童，好儿童，未来世界在掌中；今日若非勤准备，他日落伍憾无穷。好儿童，好儿童，而今国难正重重，后方多尽一分力，前方将士早成功。”这首《儿童节歌》的手迹，由他的家人保留至今。

唯一的公开活动

他在香港仅有的一次公开活动，是1938年5月23日应宋庆龄领导的保卫中国大同盟之邀，出席该同盟与香港国际医药筹账会举办的美术品展览会开幕礼。展览会在圣约翰大礼堂举行，蔡元培发表演说，指出美术与抗战的关系：“当此全民抗战期间，有些人以为无鉴赏美术之余地，而鄙人则以为美术乃抗战时期之必需品。”原因是人人都要有冷静的头脑和强毅的意志，不但在前方冲锋陷阵的将士，“就是在后方供给军需、救护伤兵、拯济难民及其他从事于不能停顿之学术或事业者，亦不可不有。有了这种精神，始能免于疏忽、错乱、散漫等过失，始在全民抗战中担得起一份任务。”

当日中外名流云集于展览会中，说得上是一次历史性的集会。据担任英译的王云五说，蔡元培原拟借此机会向香港公众话别，当时香港政府特别是总督罗富国等，虽尊重蔡元培，但不便正式应酬，而这次集会由香港大学发起，蔡元培便得以与兼任大学校长的港督晤面，以示临别前与地主道别。但此后他又因身体不适，始终不能成行。

1940年3月3日早晨，蔡元培起床时，胃病突发，猝然转剧，失足跌倒。第二天送入香港养和医院时，已陷入昏迷状态，延至5日上午9时45分逝世，终年七十四岁。香港各界约五千人为之送葬，全港学校、商号皆悬半旗致哀。在葬礼上，港绅罗旭龢爵士代表港督致祭，有万余人参加公祭，国内多个省市均有追悼大会。遗体寄放在东华义庄，后安葬于香港仔华人永远坟场。

在港痕迹

蔡元培曾于1893年由上海乘坐轮船初次到香港，住港岛文咸西街元发行内。他为店主写了一副对联：“遇事虚怀观一是，与人和气察群言。”当时他已中进士，授为翰林院庶吉士，生活清苦，新科翰林有资格往各地写字卖钱，帮补一下日常所需，俗语称为“打秋风”。可惜这幅对联后来下落不明，未知是否仍留世间。1930年代初，蔡元培又曾来港，参加香港大学活动，留有合照。现时，香港浸会大学其中一座学生宿舍命名“蔡元培堂”。这位老教育家的名字，至今没有被香港遗忘。