在朱元璋的治国方略中，有一种制度让他很得意，他曾说：“吾京师养兵百万，要令不费百姓一粒米”。养兵百万，竟然不让百姓掏一粒粮食，他说的这种卫所屯田制度，真有这么神奇吗？

耕地，是中国传统自然经济最重要的物质基础，安置农民和生计问题，解决好了土地，就解决了最重要的问题，农民出身的朱元璋深知土地的重要。明朝建立之初，既要继续推进统一全国的战争，又迫切需要安置流民，发展生产，稳定社会秩序。为此，他大力推行屯田制，包括军屯、民屯和商屯等。民屯主要针对普通民户，通过“移民就宽乡”的方式，把无田或少田的农民从地狭人稠的地区迁至地广人稀的地区，官府发给路费，再拨给土地，有的还发给耕牛、农具和种子，三年不征租税，“永为己业”。民屯中的移民，主要来自人口比较稠密的山西和江西等地，“山西洪洞大槐树”的移民传说就来源于此。商屯，是利用国家对食盐的专卖，实行开中法，吸引商人到边地组织开垦土地，此法实行不是很广泛。

军屯，在明朝的屯田制度中是推行地区最广、参与人数最多、影响也最大。军屯采取“兵农合一”的办法，依托军事屯田制和相应的卫所管理体制，既能保证军事上的足够兵力，又能开垦荒地，组织大规模耕种，提供丰富的军粮军费。建国之前，朱元璋曾试行军屯之法，将现役军人统一起来，到指定地区（卫或所）且守且耕，立国之后又逐步完善，并在全国范围内广泛推行。据《明史‧兵志》记载，卫所编制的基本标准，大体是以5600人为一卫，每卫下设5所，1120人为一千户所，112人为一百户所，每百户所设总旗2人，小旗10人，来管理卫所的各项事务。军屯的办法是：“命天下卫所军卒，自今以十之七屯种，十之三城守，务尽力开垦，以足军食。”实际上，以上都是原则性规定，屯、守的比例主要根据各地的防御任务来定。腹里（内地）卫所防御任务较轻，则屯七守三，边地卫所的防守较重，则有屯三守七，或屯四守六，或屯五守五等不同比例，各地实际执行时又有很大不同。

明初的移民屯田具有特别的意义。第一，军屯有利于大规模开垦耕地，它在明初社会经济恢复与发展中起到重要的作用。第二，军屯数量大，是解决军饷供给的重要途径，尽管军队没有实现完全的自给自足，但到永乐初年，卫所的耕地数与民田相当，屯田子粒数与户部年收入大体持平，在军粮供应上确实发挥了极其重要的作用。第三，军屯这种军事和行政合二为一的管理体制，在明初稳定国家政局方面发挥了重要作用，许多地方是先稳定政局，再发展生产，卫所的屯戍功能发挥了重要作用。

关于明代的军屯和卫所制度，它们的基本属性长期为人们所误读。实际上，军屯与它依托的卫所组织是一个有机整体，军事职能是卫所的最基本职能，包括征战、戍守、操备等；其次是与军事职能匹配的还有屯种、漕运、修筑等职能；第三，卫所还具有相对独立的行政管理职能，即卫所是独立于府州县行政系统的军政管理系统。卫所对辖区内的屯田、军户、司法和行政等独立管理，都司卫所在管理和经营明代的疆域上，发挥了重要的作用。

明代疆域辽阔，据《明史‧地理志》：“计明初封略，东起朝鲜，西据吐番，南包安南，北距大碛，东西一万一千七百五十里，南北一万零九百四里。”如此辽阔的疆域，明代采取行政和军事两大系统分别管理，即除南北二直隶和13布政司作行政管理外，还有庞大的疆域是由都司卫所来管理。与13个布政使司相对应设有13个都指挥使司，在不设布政司的地区设有辽东、大宁、万全三都司，全国共计16个都指挥使司。此外，又于建昌置四川行都司，于郧阳置湖广行都司，以及山西、陕西和福建等共5个行都司，以及凤阳和兴都2个留守司。所属的卫有493个，所2593个，守御千户所315个。这些都司卫所管理着明帝国庞大的疆土，包括大量的屯田和代管民田等，卫所都有面积不等的耕地和人数多少不一的旗军、普通民户或少数民族人口，这种管理职能在辽东、大宁和万全三个都司，以及五个行都司不设行政机构的地区表现得更明显。此外，在一些少数民族聚居区，设置有羁縻卫所，任用土官，因俗而治。全国大体设置有土官宣慰司11个，宣抚司10个，安抚司22个，招讨司1个，长官司169个，蛮夷长官司5个。这些土官的任免或世袭要由中央决定，并听从中央差调，同样统一于明朝的国家管理体系之中。