孔府是圣人孔子后裔的府第，其建筑中轴对称，主次分明，分区明确，排列有序，不仅符合一品宅第的古制，而且处处显示出孔子的思想以及圣人嫡裔的特有家风。孔子主张等级秩序观念，人要各安其位，孔府的不同居住处显示出不同人地位的差别。孔子主张男女有别，孔府的前衙和内宅简直判若两个世界，女人不能到前衙，内宅则是孔府的禁地，不容许外人随意出入。

孔府之中有许多为衍圣公所统辖的官员和大量家仆。官员的办公室和家仆的卧室，分列在前衙内宅的主人办公室和卧室的两侧，以显示主人的中心地位。孔府主人的居住处也是有意安排的。孔令贻的卧室在前堂楼，位置在孔德成卧室后堂楼的前面，父在前，子在后。孔令贻夫人陶氏在前堂楼东间，小妾王氏、丰氏在前堂楼西间，东为上，西为下，妻的地位比妾高。

孔子主张男女有别，男主外，治国平天下；女主内，妇女不能参政。孔府前衙是办公场所，即使身为孔府小主人的孔德齐、孔德懋姊妹也不得随意到此，只好在寂静的内宅院里生活。后宅是衍圣公及家人、女眷的处所，是孔府里的禁地，其他人不得擅入，尤其是男人，即使孔府内宅起火，男仆也不得入内救火。若有贵客到访，也必须由内宅门守门人通报主人后方可入内。

孔府中许多建筑的命名都昭显出孔子的思想。孔府东学的一贯堂和西学的忠恕堂的得名源于《论语》。一贯堂供孔府近支居住，其名源于《论语》的“吾道一以贯之”之句，寓意孔子的一贯之道；而衍圣公学习、会客的忠恕堂，其名则取自《论语》的：“夫子之道，忠恕而已矣”语，寓意孔子的一贯之道乃是忠恕，从中可以看出孔子的忠实、诚恳的做人原则。忠恕堂后面的安怀堂，名称同样出自《论语》：“老者安之，朋友信之，少者怀之”，寓意孔子希望老有所安、少年积极向上的人生追求和社会安定团结的政治理想。

孔府东路、西路又称为东学、西学。东学的建筑，显示出孔子后裔忠孝仁爱的处世思想。如慕恩堂是纪念乾隆女儿（第72代衍圣公孔宪培之妻）的祠堂，体现了孔府对皇帝的忠；一贯堂是孔府近亲支派居住的地方，体现了孔府对近亲支派的关爱；报本堂是孔氏家庙，是祭祀孔氏远祖的庙堂。西学自南而北是红萼轩、忠恕堂、安怀堂、花厅，是衍圣公读书、吟诗、习礼的地方，显示了孔子后裔重视学习、修养、家庭教育的良好家风。