孔府是聖人孔子後裔的府第，其建築中軸對稱，主次分明，分區明確，排列有序，不僅符合一品宅第的古制，而且處處顯示出孔子的思想以及聖人嫡裔的特有家風。孔子主張等級秩序觀念，人要各安其位，孔府的不同居住處顯示出不同人地位的差別。孔子主張男女有別，孔府的前衙和內宅簡直判若兩個世界，女人不能到前衙，內宅則是孔府的禁地，不容許外人隨意出入。

孔府之中有許多為衍聖公所統轄的官員和大量家僕。官員的辦公室和家僕的臥室，分列在前衙內宅的主人辦公室和臥室的兩側，以顯示主人的中心地位。孔府主人的居住處也是有意安排的。孔令貽的臥室在前堂樓，位置在孔德成臥室後堂樓的前面，父在前，子在後。孔令貽夫人陶氏在前堂樓東間，小妾王氏、豐氏在前堂樓西間，東為上，西為下，妻的地位比妾高。

孔子主張男女有別，男主外，治國平天下；女主內，婦女不能參政。孔府前衙是辦公場所，即使身為孔府小主人的孔德齊、孔德懋姊妹也不得隨意到此，只好在寂靜的內宅院裏生活。後宅是衍聖公及家人、女眷的處所，是孔府裏的禁地，其他人不得擅入，尤其是男人，即使孔府內宅起火，男僕也不得入內救火。若有貴客到訪，也必須由內宅門守門人通報主人後方可入內。

孔府中許多建築的命名都昭顯出孔子的思想。孔府東學的一貫堂和西學的忠恕堂的得名源於《論語》。一貫堂供孔府近支居住，其名源於《論語》的「吾道一以貫之」之句，寓意孔子的一貫之道；而衍聖公學習、會客的忠恕堂，其名則取自《論語》的：「夫子之道，忠恕而已矣」語，寓意孔子的一貫之道乃是忠恕，從中可以看出孔子的忠實、誠懇的做人原則。忠恕堂後面的安懷堂，名稱同樣出自《論語》：「老者安之，朋友信之，少者懷之」，寓意孔子希望老有所安、少年積極向上的人生追求和社會安定團結的政治理想。

孔府東路、西路又稱為東學、西學。東學的建築，顯示出孔子後裔忠孝仁愛的處世思想。如慕恩堂是紀念乾隆女兒（第72代衍聖公孔憲培之妻）的祠堂，體現了孔府對皇帝的忠；一貫堂是孔府近親支派居住的地方，體現了孔府對近親支派的關愛；報本堂是孔氏家廟，是祭祀孔氏遠祖的廟堂。西學自南而北是紅萼軒、忠恕堂、安懷堂、花廳，是衍聖公讀書、吟詩、習禮的地方，顯示了孔子後裔重視學習、修養、家庭教育的良好家風。