由于个人的地位和历史条件的局限，康熙无论多么英明神武，到底也不是完美无缺的。就以对待汉族的态度而言，康熙提高汉族官员的地位，但实际上对汉人的提防从未放松，为镇压反清言论，不惜大开杀戒，制造文字狱。为了防止汉人聚集反清，更强制推行海禁和禁矿政策，置东南沿海居民的生计于不顾，使工商业发展受到阻碍。另一方面，满族入关后，曾经废弃八股文，禁止妇女缠足，但在汉族上层反对下，康熙取消禁令，使这些陋习得以恢复。这些事实说明，康熙采取的各种措施，目的只在笼络汉族士大夫．维护清王朝的统治，而非真正对汉族平等相待。

戴名世文字狱案

康熙虽然标榜“仁政”，但在封杀汉人的反清思想上，却是心狠手辣，毫不含糊。康熙一朝发生过两件重大的文字狱，一是庄廷鑨明史案，另一是戴名世南山集案。前者发生在康熙二年（1663年），当时康熙尚未亲政；后者则发生在康熙五十年（1711年）。戴名世是安徽桐城人，字田有，57岁中进士，因为居于南山，著作名为《南山集》。书里引用同乡方孝标《滇黔纪闻》中南明桂王的抗清事迹，被人告发后，戴名世及其族人被杀，方孝标虽然已死，也被戮尸，连族人也遭杀害。案中超过百人被杀，被流放者也有数百人。

晚年保守

康熙五十岁以后，身体日渐衰老，无可避免地影响了他治理国家的能力，各类社会问题开始严重。首先是土地兼并激烈，国家税收随之萎缩，百姓生活困苦，小规模的民变时有发生。同时，官吏受贿之风愈吹愈烈，大官的赃款数以十万两，小官也有一万数千两，满汉官员，几近无官不贪，甚至江南乡试也因为主事官员贪污舞弊，引起读书人聚众闹事。康熙到了晚年，面对施政上的困难，有时还会退缩回避，息事宁人。

平定三藩后，康熙曾在云南推行鼓励开矿的政策，税收大增。其后，又批准商人在广东开矿，矿工达十三万人之多。矿业在全国其他地方也有较大的发展，对经济繁荣起了一定的推动作用。可是，当矿工“聚众几至十余万”时，鉴于明末矿工造反的教训，康熙为防止矿工闹事，逐步转向禁矿。康熙的这个改变，并非出于偶然，反映了康熙晚年凡事以不生事端为出发点，采取保留态度，对社会矛盾不是积极解决，反而是意图回避，不仅矿业政策如此，对其他问题也有这样的倾向。

开放海禁后，沿海便出现海寇，后来海寇势大，朝廷剿抚皆失，再加上为了截断西方帝国主义与内部敌人的联系，防止海内外汉人联合起来推翻清朝，康熙晚年重新提出禁海。这次禁海，虽然在短期内对巩固清廷的统治有所作用，但却使中外贸易受到很大限制，对中国东南地区经济的发展和人民的生活造成了严重的影响。禁海以后，“沿海居民富者贫，贫者困，驱工商为游手，驱游手为盗贼”。清廷后来的闭关锁国政策就与康熙的这次禁海一脉相承。禁海表明康熙在晚年，不敢有所作为，思想趋向保守。

建储及废太子

满族皇室没有嫡长子继承的规定，康熙为了避免自己死后权臣借机专政，22岁时就立下储君，以嫡长子二阿哥允礽为太子。可是随着太子年龄渐长，开始从政，而康熙又同时起用其他皇子，太子与康熙及其他皇子的矛盾日益激烈。为了避免皇权旁落，康熙罢黜了太子。可是太子的位置一空出来，其他皇子马上争得你死我活，其中八阿哥胤禩的势力更令康熙感到问题严重，康熙唯有重立太子平息纠纷。后来，太子再因为结党营私而受囚禁，康熙从此不敢再立储君。