基督宗教在华传播，历史可以追溯至唐代，在这千多年的历史过程中，当中因这宗教所带来的知识及争议，对中国社会有着深远的影响，特别在中西文化交流方面，西学东渐，让中国认识到西方的医学、天文、地理及科技等知识，从而令中国人眼界开阔，促进了中国社会的发展。另方面，中国文化亦透过来华传教士作桥梁，传播至西方国家，加深了彼此的认识及了解，让中国文化传掦开去。但在文化交流的同时亦有争议，曾发生了礼仪之争及不少教案，并导致当时的政府禁止基督宗教在华传播，成为宗教史上一件重要事件。

教案，指基督宗教于明末清初和晚清期间在中国境内传教引发的冲突案件。教案的起因主要是由于天主教教义与中国传统文化存在矛盾与冲突，中国的统治阶级认为会冲击中国固有的伦理道德，会破坏统治秩序。有些传教士片面地追求教徒人数，也通过干涉民教诉讼的方式，吸引民众信教，加深教徒和官绅士民之间的隔阂与怨恨，引发教案。当时社会有许多诋毁西方人的谣言，如说洋人医院挖小孩眼睛制迷药、神父用特制器具吸男童阳精等等，而一般中国百姓一向迷信这类传言，对西方人包括中国教徒恨之入骨而引发教案。后期教案有上千起，其中天津教案、义和团事件影响重大。

中国礼仪之争是中国天主教历史上的重大事件之一。这场争论反映了天主教教义与中国传统礼仪习俗是否矛盾的问题。万历三十八年（1610年）利玛窦逝世后，耶稣会士内部产生支持和反对利玛窦规矩的两种意见。其主要分歧是：第一、关于天、上帝、天主等译名问题。一派认为，这三个名称可以并用，反对派则认为天不能代表创造万物的主宰，主张以陡斯（Deus）的音译来代表天地万物主宰。第二、关于祭祖祀孔等中国礼仪是否含有宗教意味？是否符合教规？一派认为儒学只是一种道德伦理学说，因此祭祖祀孔等礼仪并没有宗教意味，教徒可以参加。一派认为祭祖祀孔等中国礼仪与佛道二教崇拜偶像一样，应该禁止。
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崇祯元年（1628年）在华传教士在江苏嘉定开会，讨论中国礼仪以及“天主”与“上帝”译名问题，决定沿用利玛窦的方式。1632年起，多明我会、方济各会传教士到福建传教，对于利玛窦迁就中国礼仪的做法提出异议，认为必须禁止。1645年9月12日教皇英诺森十世发布通谕，禁止中国教徒参加祭孔祭祖礼仪。1650年耶稣会派卫匡国赴罗马申辩。1656年教皇亚历山大七世裁定，准许耶稣会照他们的意见去做。1665年各省传教士被拘押广州，期间，开会讨论中国礼仪问题，决议必须无条件服从亚历山大七世1656年的通谕。对于1645年和1656年两个互相抵牾的通谕，多明我会派鲍郎高赴罗马教廷要求解释。教皇克雷芒九世1669年11月20日答覆：两个通谕均有效，必须绝对执行。这样，两派抓住通谕中有利自己的方面，各行其是。

1693年担任福建宗座代牧的巴黎外方传教会传教士颜珰，反对利玛窦的传教方式，向其代牧区的教徒发出七点指示，严禁中国教徒祭祖、祭孔。这一时期，在华耶稣会士把“祭祖祀孔是否会有宗教性质”的问题，提交康熙皇帝，耶稣会的观点得到皇帝首肯。1704年11月20日教皇克雷芒十一世发表祭祖祀孔的禁约，次年派遣多罗为教皇特使来华，并透露来华禁止中国教徒祭祖祀孔的使命。康熙皇帝认为，这是中国内部事务，并坚持在祭祖祀孔问题上传教士必须遵守利玛窦成规，领内务府准予传教的印票，可在中国合法居住，否则将被驱逐。多罗南下发表公函，要求中国教会无条件执行1704年禁约，否则将被革除教籍。1710年9月25日克雷芒十一世又发布通谕，再次肯定1704年的禁约与多罗公函定夺诸事。1715年3月19日教皇又发布“自登极之日”通谕，重申1704年禁约。此后，在华传教士除少数在宫廷服务不从事传教者外，都丧失合法居住权而离开中国。1720年教皇克雷芒十一世派嘉乐为特使来华，企图说服康熙帝同意接受教皇禁令，继续允许西方传教士在华传教。康熙帝对教皇禁令“与中国道理大相悖谬”之处严加驳斥，决定禁止天主教在华传教。嘉乐于1721年离京，并提出“八项准许”的妥协措施，企图缓和传教士在礼仪问题上的争端。1742年，教皇本笃十四世又颁布通谕废止“八项准许”，重申克雷芒十一世的禁令，清廷则针锋相对，严禁传教，直至1842年。中国礼仪之争使天主教在华传教事业受到一定损失。1939年，罗马教廷才撤销禁令，宣称1742年本笃十四世的命令“在现在已经完全失去约束的作用”。