基督宗教在華傳播，歷史可以追溯至唐代，在這千多年的歷史過程中，當中因這宗教所帶來的知識及爭議，對中國社會有着深遠的影響，特別在中西文化交流方面，西學東漸，讓中國認識到西方的醫學、天文、地理及科技等知識，從而令中國人眼界開闊，促進了中國社會的發展。另方面，中國文化亦透過來華傳教士作橋樑，傳播至西方國家，加深了彼此的認識及瞭解，讓中國文化傳掦開去。但在文化交流的同時亦有爭議，曾發生了禮儀之爭及不少教案，並導致當時的政府禁止基督宗教在華傳播，成為宗教史上一件重要事件。

教案，指基督宗教於明末清初和晚清期間在中國境內傳教引發的衝突案件。教案的起因主要是由於天主教教義與中國傳統文化存在矛盾與衝突，中國的統治階級認為會衝擊中國固有的倫理道德，會破壞統治秩序。有些傳教士片面地追求教徒人數，也通過干涉民教訴訟的方式，吸引民眾信教，加深教徒和官紳士民之間的隔閡與怨恨，引發教案。當時社會有許多詆毀西方人的謠言，如說洋人醫院挖小孩眼睛製迷藥、神父用特製器具吸男童陽精等等，而一般中國百姓一向迷信這類傳言，對西方人包括中國教徒恨之入骨而引發教案。後期教案有上千起，其中天津教案、義和團事件影響重大。

中國禮儀之爭是中國天主教歷史上的重大事件之一。這場爭論反映了天主教教義與中國傳統禮儀習俗是否矛盾的問題。萬曆三十八年（1610年）利瑪竇逝世後，耶穌會士內部產生支持和反對利瑪竇規矩的兩種意見。其主要分歧是：第一、關於天、上帝、天主等譯名問題。一派認為，這三個名稱可以並用，反對派則認為天不能代表創造萬物的主宰，主張以陡斯（Deus）的音譯來代表天地萬物主宰。第二、關於祭祖祀孔等中國禮儀是否含有宗教意味？是否符合教規？一派認為儒學只是一種道德倫理學說，因此祭祖祀孔等禮儀並沒有宗教意味，教徒可以參加。一派認為祭祖祀孔等中國禮儀與佛道二教崇拜偶像一樣，應該禁止。

崇禎元年（1628年）在華傳教士在江蘇嘉定開會，討論中國禮儀以及「天主」與「上帝」譯名問題，決定沿用利瑪竇的方式。1632年起，多明我會、方濟各會傳教士到福建傳教，對於利瑪竇遷就中國禮儀的做法提出異議，認為必須禁止。1645年9月12日教皇英諾森十世發佈通諭，禁止中國教徒參加祭孔祭祖禮儀。1650年耶穌會派衞匡國赴羅馬申辯。1656年教皇亞歷山大七世裁定，准許耶穌會照他們的意見去做。1665年各省傳教士被拘押廣州，期間，開會討論中國禮儀問題，決議必須無條件服從亞歷山大七世1656年的通諭。對於1645年和1656年兩個互相抵牾的通諭，多明我會派鮑郎高赴羅馬教廷要求解釋。教皇克雷芒九世1669年11月20日答覆：兩個通諭均有效，必須絕對執行。這樣，兩派抓住通諭中有利自己的方面，各行其是。

1693年擔任福建宗座代牧的巴黎外方傳教會傳教士顏璫，反對利瑪竇的傳教方式，向其代牧區的教徒發出七點指示，嚴禁中國教徒祭祖、祭孔。這一時期，在華耶穌會士把「祭祖祀孔是否會有宗教性質」的問題，提交康熙皇帝，耶穌會的觀點得到皇帝首肯。1704年11月20日教皇克雷芒十一世發表祭祖祀孔的禁約，次年派遣多羅為教皇特使來華，並透露來華禁止中國教徒祭祖祀孔的使命。康熙皇帝認為，這是中國內部事務，並堅持在祭祖祀孔問題上傳教士必須遵守利瑪竇成規，領內務府准予傳教的印票，可在中國合法居住，否則將被驅逐。多羅南下發表公函，要求中國教會無條件執行1704年禁約，否則將被革除教籍。1710年9月25日克雷芒十一世又發佈通諭，再次肯定1704年的禁約與多羅公函定奪諸事。1715年3月19日教皇又發佈「自登極之日」通諭，重申1704年禁約。此後，在華傳教士除少數在宮廷服務不從事傳教者外，都喪失合法居住權而離開中國。1720年教皇克雷芒十一世派嘉樂為特使來華，企圖說服康熙帝同意接受教皇禁令，繼續允許西方傳教士在華傳教。康熙帝對教皇禁令「與中國道理大相悖謬」之處嚴加駁斥，決定禁止天主教在華傳教。嘉樂於1721年離京，並提出「八項准許」的妥協措施，企圖緩和傳教士在禮儀問題上的爭端。1742年，教皇本篤十四世又頒佈通諭廢止「八項准許」，重申克雷芒十一世的禁令，清廷則針鋒相對，嚴禁傳教，直至1842年。中國禮儀之爭使天主教在華傳教事業受到一定損失。1939年，羅馬教廷才撤銷禁令，宣稱1742年本篤十四世的命令「在現在已經完全失去約束的作用」。