在古老的丝绸之路中道上，吐鲁番有两个著名的姊妹故城，一是高昌，一是交河，它们曾在历史上创造出金戈铁马，似锦繁华的灿烂文明。虽然早已落寞破败，但现在的交河故城遗址却是世界上最大最古老、保存最完好的生土建筑城市，被誉为“东方的庞贝”。交河故城遗址成了研究世界著名古代城市的标本，自然也是中国保存两千多年最完整的都市遗迹。1961年被列为国家首批重点文物保护单位，2014年交河、高昌故城作为中国、哈萨克和吉尔吉斯三国联合申遗的“丝绸之路：长安－天山廊道的路网”中的一处遗址点列入《世界遗产名录》。
交河城是公元前二至五世纪由车师人创建，南北朝和唐朝达到鼎盛，唐代西域最高军政机构安西都护府最早就设在交河故城；高昌城则是公元前一世纪西汉大将李广利在车师前国境内驻军屯田所建。公元九世纪两城逐渐衰落，元末察合台时期，吐鲁番一带战火连年，及至十四世纪，蒙古贵族叛军经多年战争，先后攻破高昌和交河，占领者强迫当地居民放弃传统佛教信仰改信伊斯兰教，在精神与物质的双重打击下，高昌和交河终于走完了生命历程。
汉唐以来，交河、高昌是连接中原中亚、欧洲的枢纽，经贸往来十分活跃，世界各地的宗教也经由这里传入中原。值得一提的是公元629年，29岁的唐代高僧玄奘，只身到西天取经，他不畏杀身之祸，偷偷离开长安，出玉门，沿丝绸中路，历时17年，遍游今阿富汗、巴基斯坦、印度诸国。玄奘途经高昌驻足，讲经颂佛，与高昌王曲文泰结为兄弟，留下一段千古佳话。
