南京云锦是在一定历史条件下形成的产物，当中蕴藏着丰富深厚的历史文化内涵。“天人合一”的思想是中国古代文化的精髓，是儒、道两家认可并采纳的哲学观，是中国传统文化最为深远的本质之源。“天人合一”的思想对云锦艺术设计和应用有着广泛影响，设计师和能工巧匠在设计和制作各种产品时，都注重顺应自然物性，遵循自然规律，将自然物性与人的巧思、匠心完美地融合在一起，以达到“天工”与“人工”浑然一体的境界。

南京云锦色彩艳丽，晕色和谐，具有鲜明的中国吉祥文化的深厚底蕴。如牡丹象征“富贵”，佛手象征“福”，桃子象征“寿”，石榴象征“多子”。运用谐音手法的，如“事事如意”是采用两只柿子（“柿”与“事”同音）和一柄如意组合而成的“吉庆双鱼”。

南京云锦主要用在皇帝大臣、文武百官的官服上，因而也具有中国皇室文化的深邃寓意。皇帝御用龙袍上的龙纹姿态有着多种多样的表现形式，如正龙、团龙、盘龙等，无不庄严威武，代表天子、帝王神化权力的象征。龙翱翔于云海之间，象征着封建帝王高据于众生之上的尊贵地位。帝王服饰是繁文缛节的封建礼仪的证物。南京云锦是专为帝王将相、王妃公主们的服饰之用，所以在南京云锦的制成品上也就打上了深深的阶级烙印。

云锦与信仰，令人最先想到的定是电视剧中唐三藏西天取经时身披的那件金光闪闪的红金袈裟。《西游记》第十一回《还受生唐王遵善果‧度孤魂萧瑀正空门》中赠予玄奘大师的袈裟正是典型的云锦织金工艺。可见远在唐朝，执政者就很重视佛教文化的交流与发展。随后馈赠佛教与少数民族的厚礼中，大量缎匹都与云锦有关。直到现今无论是藏经阁中包裹经书所用，还是祭垫、神袍、伞盖、帷幔等无不使用云锦。

云锦的萌芽和繁盛一直受益于宫廷文化和民间文化。比如图案取材上，有反映宫廷文化的龙、凤、麒麟等内容，也有来自民间文化的蝙蝠、牡丹，鱼等内容，这使民间文化得以与宫廷文化融合利用。

南京云锦作为典型的非物质文化遗产，是中国乃至世界的珍贵财富，具有历史、地理、人文、民俗、政治、经济等方面的研究价值。云锦的经济价值具有间接性，因非物质文化遗产的经济价值往往不能直接体现出来，常常要通过文化价值来展现。