南音由声乐曲与器乐曲构成，分为“指套”、“散曲”和“大谱”三部分，简称为“指、谱、曲”，总共有二千多首。南音的“指、谱、曲”，除了“谱”之外，都是有曲词的。其曲词自古以来，都是用地道的泉州方言写成，其中的古语古音古韵尤其丰富多彩。

泉州南音的“指谱”，是由“指”与“谱”组成。其中的“指”，也叫“指套”，每套由2首至7首同门类的散曲组成。一般用于“和指”，只供乐器演奏，不唱曲词；有时也摘取“指套”中的某首曲来演唱。“指”原先是36套，后来发展至50套。“谱”，有的亦称“大谱”，即纯器乐曲，原先是12套，后来发展至15套。“指谱”的出现，应该是在散曲充分发展的基础上编成。“指谱”还有一个重要用途，就是作为教材用于指导学生入门学习弦管，即具有指南的意义，所以“指谱”可以称为“弦管教科书”。

南音的“谱”最常演奏的是《四时景》、《梅花操》、《走马》、《百鸟归巢》，简称为“四、梅、走、归”。此外是《三面金钱经》、《五面金钱经》、《八面金钱经》、《阳关三叠》、《四静板》、《三不和》、《四不应》、《起手板》等，它们是纯器乐曲，用“上四管”乐器，即琵琶、洞箫、二弦、三弦加上拍板演奏。谱的演奏，丝竹相和，古朴典雅，诚如天籁之音。后人对这批杰作的诠释及演奏，曾尝试作种种改编或创新。

南音散曲由曲词与曲谱结合而成。曲词以抒情、写景、叙事居多。其中以第一人称的“我”或“阮”来咏叹自身的不幸遭遇，如被昏君奸臣陷害、受负心郎抛弃等。曲谱则依据曲词内容和情绪倾向，来选择相应的曲牌。如“相思”门类的《相思引》、《长相思》、《短相思》、《相思引叠》等，又有《渔父第一》等非常古老的曲牌。音乐节奏有慢曲的七撩拍（8/2）、三撩拍（4/2）、一撩拍（4/4）和叠拍（2/4）等，都很具表现力。南音散曲，除了当中有七八首是用唐宋诗词谱曲，可查出作者之名以外，全都是无名氏作品。它们或取材中国历代的传奇故事，或吸取戏曲唱段加以改编，或选取其故事情节另行编曲。尤其是善于选取古人的爱情故事来编曲。南音中的散曲数量最多，现经整理的有2,000首左右。过去它们都存留在海内外民间中。其中已有一部分结集出版，木版、石版、手抄制版、刻蜡纸油印的都有，发挥了保存与传承的作用。