南音由聲樂曲與器樂曲構成，分為「指套」、「散曲」和「大譜」三部分，簡稱為「指、譜、曲」，總共有二千多首。南音的「指、譜、曲」，除了「譜」之外，都是有曲詞的。其曲詞自古以來，都是用地道的泉州方言寫成，其中的古語古音古韻尤其豐富多彩。

泉州南音的「指譜」，是由「指」與「譜」組成。其中的「指」，也叫「指套」，每套由2首至7首同門類的散曲組成。一般用於「和指」，只供樂器演奏，不唱曲詞；有時也摘取「指套」中的某首曲來演唱。「指」原先是36套，後來發展至50套。「譜」，有的亦稱「大譜」，即純器樂曲，原先是12套，後來發展至15套。「指譜」的出現，應該是在散曲充分發展的基礎上編成。「指譜」還有一個重要用途，就是作為教材用於指導學生入門學習弦管，即具有指南的意義，所以「指譜」可以稱為「弦管教科書」。

南音的「譜」最常演奏的是《四時景》、《梅花操》、《走馬》、《百鳥歸巢》，簡稱為「四、梅、走、歸」。此外是《三面金錢經》、《五面金錢經》、《八面金錢經》、《陽關三疊》、《四靜板》、《三不和》、《四不應》、《起手板》等，它們是純器樂曲，用「上四管」樂器，即琵琶、洞簫、二弦、三弦加上拍板演奏。譜的演奏，絲竹相和，古樸典雅，誠如天籟之音。後人對這批傑作的詮釋及演奏，曾嘗試作種種改編或創新。

南音散曲由曲詞與曲譜結合而成。曲詞以抒情、寫景、敍事居多。其中以第一人稱的「我」或「阮」來詠嘆自身的不幸遭遇，如被昏君奸臣陷害、受負心郎拋棄等。曲譜則依據曲詞內容和情緒傾向，來選擇相應的曲牌。如「相思」門類的《相思引》、《長相思》、《短相思》、《相思引疊》等，又有《漁父第一》等非常古老的曲牌。音樂節奏有慢曲的七撩拍（8/2）、三撩拍（4/2）、一撩拍（4/4）和疊拍（2/4）等，都很具表現力。南音散曲，除了當中有七八首是用唐宋詩詞譜曲，可查出作者之名以外，全都是無名氏作品。它們或取材中國歷代的傳奇故事，或吸取戲曲唱段加以改編，或選取其故事情節另行編曲。尤其是善於選取古人的愛情故事來編曲。南音中的散曲數量最多，現經整理的有2,000首左右。過去它們都存留在海內外民間中。其中已有一部分結集出版，木版、石版、手抄製版、刻蠟紙油印的都有，發揮了保存與傳承的作用。