元朝时，阿拉伯虽已衰微，但中国与阿拉伯之间的来往关系、海陆交通并未减弱。相反，有进一步发展，这是因为蒙古人统一中国后，中国与中亚、西亚诸国已在蒙古人统治的一体之内，陆海两条丝绸之路发达，东西交往畅通，人员来往频繁，是伊斯兰教在中国进入全面发展的新阶段。

元朝政府很重视海外贸易。元世祖忽必烈承袭宋制，于广州、泉州、上海、杭州、澉浦、温州、庆元（今宁波）设市舶司。1277年，元世祖攻占南宋的闽浙沿海的商业城市后，即招降并重用在南宋任泉州市舶提举久有经验的阿拉伯大商人蒲寿庚，提升他为福建行省中书左丞，负责为元招抚海外各国与元通商。此外，元朝政府还从1285年起，采取“官本船”政策推动海外贸易。所谓“官本船”，就是“官自具船，给本，选人入藩贸易诸货，其所获之息，以十分为率，官取其七，所易人得其三”，从而也促进了海外贸易的进一步发展。

元朝及其以前来华的阿拉伯商人，以及从西亚、中亚迁到中国的阿拉伯人，有很多在中国安家落户，这些人也成为以后形成的中国回族的重要来源之一。当时西域（指西亚、中亚地区）来华的穆斯林数量超过以往朝代，这是因为蒙元帝国对宗教采取兼容并包政策。成吉思汗曾颁布法令：杀一个穆斯林，罚黄金40巴里失（蒙古的货币单位）。元朝初期来华的穆斯林的政治地位仅次于蒙古人，元朝政府在官方文书中，把这些穆斯林称为“回回” 。在元朝时，“回回”已经成为一个新的民族，是中华民族大家庭中的一员。他们不仅居住在大城市和沿海港口，而且已遍布各地，以至于《明史》中有“元时回回遍天下”之说。

元朝来华的阿拉伯人中，还有一些上层人士。其中尤以咸阳王赛典赤瞻思丁（as-Sayyid Shams ad-Dīn ‘ūmar，1211—1279年）最为著名。他原籍布哈拉，据称是伊斯兰先知穆罕默德的后裔，元太祖成吉思汗西征时归服，任太祖帐前侍卫，随从征伐，历任要职，官至平章政事（相当于副丞相，为地方最高长官，兼管民政与军政），最后执政于云南。他是一位干练的理财家，出色的政治家，为元代政权建设、经济繁荣、文化昌盛和民族和睦做出贡献。事实上，据《元史‧宰相表》、《新元史‧宰相年表》记载，回回人（穆斯林）在元朝朝廷担任重要职务者，有右丞相1人，左丞相3人，平章政事11人。又据《元行省丞相平章政事年表》及《新元史‧行省宰相年表》记载，回回人（穆斯林）在地方政府担任重要职务者，有丞相3人，平章政事23人。元朝穆斯林的政治地位由此可见一斑。

元时，大批阿拉伯穆斯林来华，其中最值得称道却鲜为人知的是也黑迭儿丁（Ikhtiyār ad-Dīn），他是著名建筑家，亦是元大都（今北京城）宫殿和宫城的设计者和工程的组织者。也黑迭儿丁深得元世祖忽必烈信任，于中统元年（1260年）掌管茶迭尔局（即管理土木工程及其工匠的官署）。至元元年（1264年）他负责修建琼华岛（即今北海公园前身），至元三年（1266年），琼华岛的广寒殿竣工。同年12月，他奉命与他人同行工部尚书事，修建宫城。至元十一年（1274年），元大都主体工程宫城宫殿竣工。