书院作为一种文化教育组织，为了满足不同时期、不同地区、不同层次的读书人的文化需求，形成了各种各样的类型和等级。按照功能来分，有作为读书之处的书院，作为著书之地的书院，作为藏书之所的书院，作为明道讲学的书院，作为士友会讲之所的书院，作为课士之区的书院，作为士人市肆的书院，作为应试者公寓的书院，作为祭祀先贤之地的书院，最主要的还是从事教育事业的书院。

按照教学内容来分，有从事军事教育的武书院，实施语言语音教育的正音书院，教授外国语言文学的书院，开设医学教育并有门诊业务的书院，最主要的还是从事儒家文化知识教学的书院。

按照程度来分，有高中低的等级不同，而有大学、小学的区别。按照建设者来分，有民间的家族书院、乡村书院、教会书院，官方的县、州、厅、府、道、省各级地方书院，皇族书院，教会书院。按照院中学生来分，有少数民族书院、侨民书院、华侨书院，有童生肄业的书院、生员书院、生童共处的书院、举人的书院。凡此种种，举不胜举。

家族书院

家族书院指同一父系血亲组织所创建、所共享的书院。家庭或家族创办书院的主要目的是培养下一代，使其具有较高的文化知识，良好的道德修养，从而提高家族的总体素质水平，为其繁衍发展提供动力。家族书院有三个基本特点，一是血缘性，也即家族性，它的创办经费、日常经费都由家族提供，其主持人为家族成员或受聘于家族，其服务对象为家族子弟，外姓人不得入内是普遍原则。二是教学授受，以传播文化知识和做人道理为主要任务。三是教学程度不高，一般来讲属启蒙教育或稍高于蒙学的阶段。家族书院和乡村书院一起，构成民间书院的主体。

乡村书院

乡村书院指建在乡村，以乡村为招生范围的书院。它的创建有四种情形，一是某人单独创建；二是某人倡建，众人襄成；三是乡人公建；四是官府倡建或创建。除了官府关顾者之外，都与家族书院有较深的联系，可以视作家族书院的推广与延伸。但两者之间的区别也是明显的，乡村书院是一个地缘性概念，它不同于血缘性的家族书院，教泽所及要广泛一些。

乡村书院也有三个基本特点，一是数量多，分布广，成为唐宋以来中国广大农村地区最主要的文化教育组织。二是招生范围较小，一般以参与建设的乡村为限，不投资者难享其利。三是教学程度与家族书院类似，多为启蒙教育或稍高于蒙学，但总体上又有超乎家族书院之上的趋势。

乡村书院和家族书院一起，构成历代书院总量的大多数，承担了中国古代社会普及教育的主要任务，值得指出的是，除了教学之外，这两大类型的书院还兼为家族与乡村社会文化活动的中心，不独为发展教育之体，亦为醇正风俗之原。

各级官府书院

官府书院以行政区域的大小而有等级差异。县级书院建于县城或城郊，多为一县名胜之地，在全县范围招生。其院舍创建、修复和山长聘任、生徒选择之权，一般都操于主持一县行政的长官之手，故而也可称作县立书院。县级书院的教学程度也明显高于家族和乡村书院，实为一县文化教育中心。

县级书院之上，又有始见于北宋时期的州级书院、府级书院，始见于清代的道级书院，始见于明代的省级书院，始见于清代的跨省书院。它们的共同特点是官立，其创建、修复、经费、聘师、择生之权利多操于各级行政首长，成为各级政区的最高学府。所不同的是，各自的辖区范围广狭不一，辖区愈大，其选择师生的余地就愈大，其教学与学术水平也愈高。