秦汉时期是中医学发展第一次大总结，期间医学文献不断丰富，大多反映了以《黄帝内经》理、法、方、药理论原则为基础的大总结。医药卫生领域空前繁荣，涉及学科、技术、器械等均有明显进步，为中医药发展奠定了良好基础。

《黄帝内经》约成书于公元前三世纪，是中国医学理论现存最早的奠基之作，至今仍是中医学家辨病认证、处方用药原则的主要依据，该书由《素问》与《灵枢》组成。《素问》偏重养生、天人相应、阴阳五行、脏象、脉学以及治则治法的理论；《灵枢》则偏重针灸经络腧穴、解剖、营卫气血等理论。《黄帝内经》是两千多年来中医学的理论指导。

约成书于先秦的《神农本草经》，借“神农尝百草始有医药”之誉而命名，收药分上、中、下三品365味，其中许多种仍为中国药典收载，记疗效多较确切。原书早佚，后有梁朝陶弘景《本草经集注》的传本，所总结之中药分类，用药处方的君臣佐使、七情和合、四气五味、阴阳寒热配伍与应用原则，至今仍是中医学家理论思维的指导。

中国医学发展富有生命力的原因之一，就是历代医学家都很重视病案记录，不但能丰富自身经验，而且可供他人学习与借鉴。公元前三世纪的名医淳于意，山东临淄人，因事被人诬告，当汉文帝过问时，淳于意如实讲了自己二十五个成功或失败之病案，加上女儿缇萦愿为奴以救父的真情，终于免除了被诬告之罪而获释。淳于意申述的二十五例病案，也成为中国最早的诊籍。

张仲景的著作流传至今，经历代医学家整理，已非其原貌了。但出土医简则反映了汉代医学的真实水平。近半个多世纪以来在甘肃、湖南等地多有出土。《折伤簿》是公元14年王莽建国时，记录士兵骨折伤的簿本；《治百病方》为甘肃武威出土的汉简，论述伤寒等病证之理法方药，与张仲景《伤寒论》各有特点。

近数十年来，各地出土汉代医药卫生文物颇多。金银医针、医工铜盆、银灌药器、银漏斗等皆在1968年出土于河北中山靖王刘胜墓。金银医针反映了汉代针灸用针的形质；医工铜盆则显示出汉代医工制药器具的形质；银灌药器则用于为口噤病人灌喂药食；银漏斗为与银灌药器配合使用之器物。秦汉时期中国的公共卫生设施与环境保护已达到很高水平。出土于河南的明器陶井，其井亭、汲水桶、井栏生动说明对饮水卫生的严格要求。栏上文字“灭火东井”，与牛饮图说明当时对井的高度重视。