秦漢時期是中醫學發展第一次大總結，期間醫學文獻不斷豐富，大多反映了以《黃帝內經》理、法、方、藥理論原則為基礎的大總結。醫藥衞生領域空前繁榮，涉及學科、技術、器械等均有明顯進步，為中醫藥發展奠定了良好基礎。

《黃帝內經》約成書於公元前三世紀，是中國醫學理論現存最早的奠基之作，至今仍是中醫學家辨病認證、處方用藥原則的主要依據，該書由《素問》與《靈樞》組成。《素問》偏重養生、天人相應、陰陽五行、髒象、脈學以及治則治法的理論；《靈樞》則偏重針灸經絡腧穴、解剖、營衞氣血等理論。《黃帝內經》是兩千多年來中醫學的理論指導。

約成書於先秦的《神農本草經》，借「神農嘗百草始有醫藥」之譽而命名，收藥分上、中、下三品365味，其中許多種仍為中國藥典收載，記療效多較確切。原書早佚，後有梁朝陶弘景《本草經集注》的傳本，所總結之中藥分類，用藥處方的君臣佐使、七情和合、四氣五味、陰陽寒熱配伍與應用原則，至今仍是中醫學家理論思維的指導。

中國醫學發展富有生命力的原因之一，就是歷代醫學家都很重視病案記錄，不但能豐富自身經驗，而且可供他人學習與借鑑。公元前三世紀的名醫淳于意，山東臨淄人，因事被人誣告，當漢文帝過問時，淳于意如實講了自己二十五個成功或失敗之病案，加上女兒緹縈願為奴以救父的真情，終於免除了被誣告之罪而獲釋。淳于意申述的二十五例病案，也成為中國最早的診籍。

張仲景的著作流傳至今，經歷代醫學家整理，已非其原貌了。但出土醫簡則反映了漢代醫學的真實水準。近半個多世紀以來在甘肅、湖南等地多有出土。《折傷簿》是公元14年王莽建國時，記錄士兵骨折傷的簿本；《治百病方》為甘肅武威出土的漢簡，論述傷寒等病證之理法方藥，與張仲景《傷寒論》各有特點。

近數十年來，各地出土漢代醫藥衞生文物頗多。金銀醫針、醫工銅盆、銀灌藥器、銀漏斗等皆在1968年出土於河北中山靖王劉勝墓。金銀醫針反映了漢代針灸用針的形質；醫工銅盆則顯示出漢代醫工製藥器具的形質；銀灌藥器則用於為口噤病人灌喂藥食；銀漏斗為與銀灌藥器配合使用之器物。秦漢時期中國的公共衞生設施與環境保護已達到很高水準。出土於河南的明器陶井，其井亭、汲水桶、井欄生動說明對飲水衞生的嚴格要求。欄上文字「滅火東井」，與牛飲圖說明當時對井的高度重視。