远在三四千年前的新石器时代，晋江流域就已经居住着古越族人。古越族人分布在中国东南沿海的大片地区，统称百越，居住在福建境内的称闽越族。他们纹身断发，并擅于造舟与航海。大约在公元前十一世纪，越族人已经能够把他们所造的船只献给周朝天子。越族人的造船与航海传统，对后世泉州造船与航海业的发展有深远的影响。

公元三世纪的西晋末年，中原地区发生了巨大动乱。大批晋人向中国南方迁移，这就是中国历史上有名的民族大迁徙。当时，有一批移民南迁到今泉州地区，并沿江而居，晋江也因此得名。晋代中原汉人的南迁，是泉州发展史上划时代的事件。移民带来了中原先进的文化和农业、手工业等生产技术，与本地的越族文化相互交融，促进晋江流域的开发和社会经济的发展。

南北朝时，泉州港开始兴起。最初踏上泉州的外国人，是一个名叫拘那罗陀的印度僧人，他前来中国传教多年，于南北朝时（公元558年）经江西来到梁安郡（郡治在今泉州南安市丰州镇），并从这里搭乘大船，前往马来半岛的棱加修国准备回国，中途因遇台风而停留在南越，这是史书上有关泉州港对外交通的第一次明确记载，说明这时的泉州不仅能够制造大船，而且已经通航东南亚国家。

唐代的建城迁治是泉州港发展史上的里程碑。泉州原来的行政中心，设在今南安市丰州镇。为了进一步发展泉州的海外贸易，公元718年（唐开元六年），泉州的行政中心从丰州往晋江下游方向迁移了近8公里，设在今泉州市区。同时将它由东南面一大片沿海地区分割出来，另立晋江县。数年之后，建造了一座周长3里的城──子城。城内的北面主要是行政区，南面为工商业区。从此，泉州作为一个港市崛起于中国的东南沿海。

唐代中期以后，由于西域各国政治关系的复杂变化，“陆上丝绸之路”严重受阻。中国的经济重心从此逐渐南移到江淮地区和东南沿海一带，“海上丝绸之路”显得更加重要，促进了泉州港勃兴。唐代中后期的泉州港，是海外商人、传教士和使者频繁出入的港口。为了表明中央政府重视海外贸易，以及保护来华贸易商人，公元834年（唐大和八年）下了一道诏书，命令包括泉州在内的福建等地方官员要经常关心海外客商，除了规定收取的税收外，不能任意加重税率，要保证商品流通、自由贸易等优惠政策和措施。不仅如此，还在泉州特设参军事4人，管理海外往来的使节和商人。这说明了泉州港在中国海外贸易中的重要地位。

五代时期，先后统治泉州的王延彬、留从效和陈洪进，都积极发展海外贸易。海外贸易兴盛，使泉州有足够的经济能力来支持城市的建设，以适应交通贸易的需要。宋、元时期，泉州海外交通贸易达到鼎盛。泉州海外贸易迅速发展，引起北宋政府关注，为了增加国家财政收入， 1087年（元佑二年），北宋政府在泉州设置管理海外贸易的专门机构──市舶司。设立泉州市舶司，确立了泉州作为重要贸易港口的地位，极大推动了泉州社会经济的发展，增强和拓展了泉州与海外贸易的国际网络，终成为物货浩瀚的东方贸易大港。 到了元代，统治者采取更为开放的海外贸易政策，泉州港成为海外贸易的中心， 进入了一个空前发展的极盛时期。当时欧洲中世纪著名游历家在他们的游记中，都见证了泉州港的繁华。1225年（南宋宝庆元年），泉州市舶司负责官员赵汝适写了一本很重要的著作，叫《诸蕃志》，记录了泉州同海外58个国家和地区贸易往来的情况。到了元代，当泉州处于极盛时期，一个长住泉州的江西商人汪大渊写了一本同样重要的著作《岛夷志略》，泉州同海外的贸易往来此时已发展到98个国家和地区。

明清时期泉州港最大的变化主要体现在三个方面：一是官方贸易的萎缩；二是私商贸易的活跃；三是海外移民热潮的出现。明朝初期，为防止逃亡海上的反对势力卷土重来，以及因倭寇患境，造成海疆不靖，明太祖朱元璋对海外贸易实施严格限制，与邻近国家建立了朝贡贸易关系。海禁政策对泉州港的影响巨大， 1370年（洪武三年），朝廷重新在泉州港设置市舶司机构，但被限定只通琉球。100年后，市舶司机构移置福州，泉州作为琉球入贡口岸的历史也宣告结束，标志着泉州港从一个国际大港沦为一般的地方港口。