1955年，上海掀起批判“胡风反革命集团”政治运动。作为上海文艺界的领导人之一，巴金从5月下旬起，写了几篇文章，表明态度，划清界限，以求“过关”。1957年在“反右派”斗争中，巴金出席各种座谈会、批判会，作人云亦云的发言或联合发言。总之，五六十年代的几次思想政治运动中，为回应号召，保全自己，巴金跟在别人后面，对自己过去的一些朋友、熟人如胡风、丁玲、艾青等“投井下石”。1986年，他在《怀念胡风》中沉重地自我解剖：“我对自己的表演，也感到恶心，感到羞耻。今天翻看三十多年前写的那些话，我还是不能原谅自己，也不想要求后人原谅我。”

1958年上半年，巴金的《法斯特的悲剧》一文受到批评，接着，《文汇报》又载文批评他1957年提出的“把文艺还给人民”是一个错误的口号，4个月以后，一场全国范围的大批判等待着他。1958年10月，《中国青年》、《读书》、《文学知识》三家有影响力的刊物，以“为了把共产主义的红旗插遍一切思想领域”为由，开始对巴金作品展开分析批判。往后的8个月中，全国各种报刊共刊登文章六七十篇，并先后出版两本批判论文集。这样有组织地以讨论为名，对一位当代作家过去的作品展开大批判，在现代文学的历史上，还是第一次。这些批判使巴金受到极大的震动和惊骇。在1962年5月举行的上海市第二次文代会上，巴金作了题目为《作家的勇气和责任心》的发言。文中明快地表达出多年堆积在胸中的心里话，表现出反对“左”的文艺思想的勇气。这个发言受到许多文艺工作者的欢迎，却惹怒了主管上海宣传工作的张春桥和姚文元等人。由于美联社报道了发言摘要，刊登这个发言稿的《上海文学》也受到批评。

1966年夏，文化大革命开始后，惊恐的巴金烧掉了一些可能惹出麻烦的信件，可是厄运还是降临了。9月10日，他的家被造反派查抄。10月，他被关进“牛棚”，丧失了一切人权。接着，是不断的批判斗争，侮辱折磨和无休止地自我检查、认罪。他的作品被指为“大毒草”全部被封杀。 1968年2月《文汇报》以整版篇幅发表声讨文章，指他为“无产阶级专政的死敌”；1969年6月，上海文化系统在人民杂技场召开“斗争巴金电视大会”。肉体的折磨、思想的重压、精神的摧残、人格的凌辱，曾使巴金想到自杀。1970年春节后，巴金奉命到地处松江县的干部学校劳动，先修苇席棚，然后抬粪水、挑菜担草、喂猪、搓草绳。最后，他以坚强的意志活下来了。