1955年，上海掀起批判「胡風反革命集團」政治運動。作為上海文藝界的領導人之一，巴金從5月下旬起，寫了幾篇文章，表明態度，劃清界限，以求「過關」。1957年在「反右派」鬥爭中，巴金出席各種座談會、批判會，作人云亦云的發言或聯合發言。總之，五六十年代的幾次思想政治運動中，為回應號召，保全自己，巴金跟在別人後面，對自己過去的一些朋友、熟人如胡風、丁玲、艾青等「投井下石」。1986年，他在《懷念胡風》中沉重地自我解剖：「我對自己的表演，也感到噁心，感到羞恥。今天翻看三十多年前寫的那些話，我還是不能原諒自己，也不想要求後人原諒我。」

1958年上半年，巴金的《法斯特的悲劇》一文受到批評，接着，《文匯報》又載文批評他1957年提出的「把文藝還給人民」是一個錯誤的口號，4個月以後，一場全國範圍的大批判等待着他。1958年10月，《中國青年》、《讀書》、《文學知識》三家有影響力的刊物，以「為了把共產主義的紅旗插遍一切思想領域」為由，開始對巴金作品展開分析批判。往後的8個月中，全國各種報刊共刊登文章六七十篇，並先後出版兩本批判論文集。這樣有組織地以討論為名，對一位當代作家過去的作品展開大批判，在現代文學的歷史上，還是第一次。這些批判使巴金受到極大的震動和驚駭。在1962年5月舉行的上海市第二次文代會上，巴金作了題目為《作家的勇氣和責任心》的發言。文中明快地表達出多年堆積在胸中的心裡話，表現出反對「左」的文藝思想的勇氣。這個發言受到許多文藝工作者的歡迎，卻惹怒了主管上海宣傳工作的張春橋和姚文元等人。由於美聯社報道了發言摘要，刊登這個發言稿的《上海文學》也受到批評。

1966年夏，文化大革命開始後，驚恐的巴金燒掉了一些可能惹出麻煩的信件，可是厄運還是降臨了。9月10日，他的家被造反派查抄。10月，他被關進「牛棚」，喪失了一切人權。接着，是不斷的批判鬥爭，侮辱折磨和無休止地自我檢查、認罪。他的作品被指為「大毒草」全部被封殺。1968年2月《文匯報》以整版篇幅發表聲討文章，指他為「無產階級專政的死敵」；1969年6月，上海文化系統在人民雜技場召開「鬥爭巴金電視大會」。肉體的折磨、思想的重壓、精神的摧殘、人格的凌辱，曾使巴金想到自殺。1970年春節後，巴金奉命到地處松江縣的幹部學校勞動，先修葦席棚，然後抬糞水、挑菜擔草、餵豬、搓草繩。最後，他以堅強的意志活下來了。