陶渊明思想的核心就是崇尚自然，这也是他生活和创作的最高原则。《归去来兮辞》说：“质性自然”，即是说自己天性接近自然。《形影神序》说：“神辨自然以释之。”即是以自然的法则来排遣忧思。陶渊明认为，人既秉受天地之灵气而生，就应避免世俗的牵扰。隐居山林、躬耕田园最符合人的本性。返回自然的思想，包涵着对世俗社会和名教礼法的厌恶与鄙弃。虽然他的方式只是消极地逃避，但其中却有反抗黑暗、不与统治者同流合污的积极意义。陶渊明返回自然的思想和他的田园诗，为中国古典诗歌浪漫主义开辟了新的途径。

陶渊明的“自然”，并非一般所谓的自然。陶渊明受魏晋玄学的影响，倾向于嵇康、阮籍一派，以自然对抗名教。陶渊明的《杂诗》、《饮酒》、《拟古》，与阮籍的《咏怀》思想感情一脉相通。陶渊明的崇尚自然、反抗名教，又有不同于嵇、阮的一面。陶渊明虽然也处于朝代交替之际，但像司马氏那样以名教为武器，大肆诛戮异己的事并未重演，他反抗名教也就不必采取嵇康、阮籍那种荒诞不经的方式。他可以从容地实践他崇尚自然化的主张，使他的生活和诗歌接近于自然的境地。

玄学是流行于魏晋时期的一种思潮。玄学在思想上倾向老庄的道家思想，反对传统儒家名教的束缚，主张放任自然。近代哲学家汤用彤先生指出，玄学是魏晋时期的一种“新学”，它“鄙视汉代‘象数之学’，抛弃阴阳五行等旧说的传统”，带来了学术思想的重大变化。陶渊明的思想便是在玄学这种新思潮的影响下形成，特别是玄学中具有进步的反抗名教的一派，如嵇康、阮籍，对陶渊明影响最深。

“安贫乐道”是陶渊明为人准则。他所谓“道”，偏重于个人的品德节操方面，体现了儒家思想。如“匪道曷依，匪善奚敦”（《荣木》）两句诗显示出作者以遵循大道、追求至善为根本的生活原则。他特别推崇颜回、袁安等安贫乐道的贫士，要像他们那样努力保持纯洁的品德节操，决不为追求高官厚禄而玷污自己。陶渊明虽崇尚自然，但并没有完全摆脱名教的束缚，他仍希望立善求名。自然与名教的交战，集中表现为归隐与出仕的矛盾。他仕而隐，隐而仕，直到辞去彭泽令，始终为此苦恼着，不能安宁，只好借饮酒以忘却心中苦闷。陶渊明又说：“生有高世名，既没传无穷。”（《拟古》其二）“心知去不归，且有后世名。”（《咏荆轲》）表明诗人不仅看重现世的声名，更追求名垂青史的荣耀。