陶淵明思想的核心就是崇尚自然，這也是他生活和創作的最高原則。《歸去來兮辭》說：「質性自然」，即是說自己天性接近自然。《形影神序》說：「神辨自然以釋之。」即是以自然的法則來排遣憂思。陶淵明認為，人既秉受天地之靈氣而生，就應避免世俗的牽擾。隱居山林、躬耕田園最符合人的本性。返回自然的思想，包涵着對世俗社會和名教禮法的厭惡與鄙棄。雖然他的方式只是消極地逃避，但其中卻有反抗黑暗、不與統治者同流合污的積極意義。陶淵明返回自然的思想和他的田園詩，為中國古典詩歌浪漫主義開闢了新的途徑。

陶淵明的「自然」，並非一般所謂的自然。陶淵明受魏晉玄學的影響，傾向於嵇康、阮籍一派，以自然對抗名教。陶淵明的《雜詩》、《飲酒》、《擬古》，與阮籍的《詠懷》思想感情一脈相通。陶淵明的崇尚自然、反抗名教，又有不同於嵇、阮的一面。陶淵明雖然也處於朝代交替之際，但像司馬氏那樣以名教為武器，大肆誅戮異己的事並未重演，他反抗名教也就不必採取嵇康、阮籍那種荒誕不經的方式。他可以從容地實踐他崇尚自然化的主張，使他的生活和詩歌接近於自然的境地。

玄學是流行於魏晉時期的一種思潮。玄學在思想上傾向老莊的道家思想，反對傳統儒家名教的束縛，主張放任自然。近代哲學家湯用彤先生指出，玄學是魏晉時期的一種「新學」，它「鄙視漢代『象數之學』，拋棄陰陽五行等舊說的傳統」，帶來了學術思想的重大變化。陶淵明的思想便是在玄學這種新思潮的影響下形成，特別是玄學中具有進步的反抗名教的一派，如嵇康、阮籍，對陶淵明影響最深。

「安貧樂道」是陶淵明為人準則。他所謂「道」，偏重於個人的品德節操方面，體現了儒家思想。如「匪道曷依，匪善奚敦」（《榮木》）兩句詩顯示出作者以遵循大道、追求至善為根本的生活原則。他特別推崇顏回、袁安等安貧樂道的貧士，要像他們那樣努力保持純潔的品德節操，決不為追求高官厚祿而玷污自己。陶淵明雖崇尚自然，但並沒有完全擺脫名教的束縛，他仍希望立善求名。自然與名教的交戰，集中表現為歸隱與出仕的矛盾。他仕而隱，隱而仕，直到辭去彭澤令，始終為此苦惱着，不能安寧，只好借飲酒以忘卻心中苦悶。陶淵明又說：「生有高世名，既沒傳無窮。」（《擬古》其二）「心知去不歸，且有後世名。」（《詠荊軻》）表明詩人不僅看重現世的聲名，更追求名垂青史的榮耀。