雖然中國民間博物館發展取得較大的成績和發揮了重要的作用，但是由於民間博物館在中國還是一種新事物，尚處於探索階段，還存在基礎設施薄弱、管理運行不規範、與專業標準有較大差距、社會作用不明顯等一系列問題。

首先，民間博物館設立條件不完備，發展不夠均衡，個體差異很大。目前不少民間博物館存在藏品數量不多，館舍功能欠齊備，專業人才不足，開放的常設展覽、教育活動和社會服務品質不高，數量不夠的問題。有限的場地空間嚴重限制了文物儲藏、保護、展示、對外開放等工作。在民間博物館中，只有少部分的綜合實力可與國有博物館比肩，而相當一部分民間博物館還停留在「亮寶樓」、「古玩店」的原始形態上，博物館的應有職能未得到充分發揮。由於發展過程中的這種失衡，影響了博物館業整體水準的提升。

其次，民間博物館法人治理結構不完善，營運保障機制不健全，模式單一，經費欠缺。健全的法人治理結構是民間博物館長期健康有序發展的根本保證。民間博物館雖然在申報階段都從文本上組建了「理事會」、「董事會」、「監事會」等機構，但大都流於形式，「家族」、「團夥」式的管理狀態沒有從根本上得到解決。而中國民間博物館多採取創辦企業注資或創辦者個人注資的辦法保障營運問題，但由於投資大、回報小，存在嚴重的經費不足和難以維持發展的問題。博物館館舍維修、藏品購置和日常維護、管理人員薪酬等，都需要長期足夠的資金支持。

目前中國民間博物館獲政府支持的力度和國有博物館以及國外比較起來還存在相當差距。國內雖然有多項法律法規及政策扶持包括博物館在內的公益文化事業，但因部分內容缺少可操作的執行細則，及受跨部門、跨行業的制約，最終導致政策應有的作用和效果未能充分發揮。

為了規範和促進民間博物館的發展，以下幾個方面需作出改善：

一、規範和完善民間博物館的准入制度，逐漸均衡民間博物館的發展。按照相關法律法規，完善民間博物館的審批程序，將民間博物館納入政府管理。同時，一方面要按照優勝劣汰的市場規則，允許一小部分原始條件差，後續發展能力弱的博物館自然退出；另一方面，對有影響、有特色、有發展潛力的博物館，要在財政扶持、人才培養、專業指導等方面幫助他們走出困境，良性發展。另外，也要提高門檻，把營運保障能力作為「准入」的重要條件。

二、實現完善的法人治理結構，賦予民間博物館與公立博物館同等的法律地位。未來的民間博物館將從組建高級別的基金運作，政府投資擔保，社會化公益募捐，博物館有形、無形資產評估，進而搭建融資通道等方面尋求突破；或建立博物館行業基金會、利用像「文化遺產保護基金會」這些平台，以博物館為試點，開展推行民間博物館法人治理結構試點工作；並且賦予民間博物館與公立博物館同等的法律地位，在行業准入、等級評定、人員培訓、職稱評定，以及土地使用、稅費減免、銀行信貸、收繳文物劃撥等方面與國有博物館一視同仁，保護民間博物館的合法權益。

三、制定和落實對民間博物館的扶持政策，包括增加政府財政扶持、建立和完善社會公益保障機制。可考慮通過優惠政策引導和政府文化產業專項資金重點扶持的辦法，幫助民間博物館培育和發展文化產業項目；也可考慮整合全國博物館資源優勢，組建博物館文化創意產業集團，為民間博物館的可持續發展提供保障。