商代在天文、曆法和醫學等科學技術方面有較大的發展，甲骨文中便有所記載。甲骨文中有月蝕的記載，蝕字寫作食。在武丁至祖庚前期的卜辭中有五次月蝕的記錄，即「癸未夕月食」、「甲午夕月食」、「已未夕皿（向）庚申月食」、「壬申夕月食」、「乙酉夕月食」。甲骨文中也有星象的資料，如「新星」、「大星」、「新大星並火」等，「新大星」是指新發現的大星，「火」即大火星，即心宿二 。後一辭大意為在大火星的旁邊出現了一顆新的大星，與大火星並行。上述甲骨文中有關月蝕和星辰的記載，是中國歷史上最早的天文學記錄，特別是月蝕的記載，在世界上也是很古老的，這顯示出中國古代人民的偉大智慧。

據甲骨文記載，商代的曆法是陰陽合曆，一年分為十二個月，月有大小之分，大月30天，小月29天，為了調節太陽曆與太陰曆的參差，還設置閏月，所以甲骨文中有「十三月」，「十四月」的記錄，閏月置於年終或年中。甲骨文中，稱年為「祀」，如「隹王十祀」，指的是商王十年。年有大小，平年12個月，一般353至354日，閏年一般383至385日。甲骨文中一個月又分為三旬，每旬十日，以干支記日。當時還將晝夜的時間區分為十多個時段。

甲骨文中醫學的資料較豐富，有許多關於疾病的記錄。甲骨文的疾字作，像人臥於床上遍體流汗。卜辭中有關疾病的名稱有疾首、疾目、疾自（鼻子）、疾口、疾齒、疾舌、疾言、疾腹、疾肘、疾心、疾足、疾趾、疾骨等。依現代醫學的分科，基本具備了內、外、耳鼻喉、牙、骨、婦產諸科，其中有關齲齒（小知識） 的記錄較其他國家要早。

甲骨文中有三個字，與治病有關，其一，「」字作形，像人臥於床上，用手撫摩其腹，這應是按摩的寫照。其二，「床」字作形，像人臥於床上，腹上放有一撮草之形，可能是以火艾炙病之意。其三，是「殷」字，作形象人腹有病，一人用手持針刺患病之部位。