商代在天文、历法和医学等科学技术方面有较大的发展，甲骨文中便有所记载。甲骨文中有月蚀的记载，蚀字写作食。在武丁至祖庚前期的卜辞中有五次月蚀的记录，即“癸未夕月食”、“甲午夕月食”、“已未夕皿（向）庚申月食”、“壬申夕月食”、“乙酉夕月食”。甲骨文中也有星象的资料，如“新星”、“大星”、“新大星并火”等，“新大星”是指新发现的大星，“火”即大火星，即心宿二。后一辞大意为在大火星的旁边出现了一颗新的大星，与大火星并行。上述甲骨文中有关月蚀和星辰的记载，是中国历史上最早的天文学记录，特别是月蚀的记载，在世界上也是很古老的，这显示出中国古代人民的伟大智慧。

据甲骨文记载，商代的历法是阴阳合历，一年分为十二个月，月有大小之分，大月30天，小月29天，为了调节太阳历与太阴历的参差，还设置闰月，所以甲骨文中有“十三月”，“十四月”的记录，闰月置于年终或年中。甲骨文中，称年为“祀”，如“隹王十祀”，指的是商王十年。年有大小，平年12个月，一般353至354日，闰年一般383至385日。甲骨文中一个月又分为三旬，每旬十日，以干支记日。当时还将昼夜的时间区分为十多个时段。

甲骨文中医学的资料较丰富，有许多关于疾病的记录。甲骨文的疾字作，像人卧于床上遍体流汗。卜辞中有关疾病的名称有疾首、疾目、疾自（鼻子）、疾口、疾齿、疾舌、疾言、疾腹、疾肘、疾心、疾足、疾趾、疾骨等。依现代医学的分科，基本具备了内、外、耳鼻喉、牙、骨、妇产诸科，其中有关龋齿的记录较其他国家要早。

甲骨文中有三个字，与治病有关，其一，“”字作形，像人卧于床上，用手抚摩其腹，这应是按摩的写照。其二，“床”字作形，像人卧于床上，腹上放有一撮草之形，可能是以火艾炙病之意。其三，是“殷”字，作形象人腹有病，一人用手持针刺患病之部位。