在中國古代歷史上，文治的興衰往往與國運密切相關，國運興而文治興，國運衰而典籍亡。清代也不例外，《四庫全書》的遭遇也如此。乾隆以後，清朝的統治由盛轉衰，中國也進入一個多災多難的歷史時期，列強入侵，戰亂頻仍，人民飽經憂患，世事幾度滄桑。在百多年的風風雨雨中，無論是北方的內廷四閣全書，還是南方的江浙三閣全書，都經歷坎坷曲折的命運。有的不幸被毀，有的散失亡佚，當年各閣牙籤插架、紙墨燦然的藏書盛況不復存在，七部《四庫全書》，只有三部半得以保存至今。可以說，這部書籍的變遷，也是這個國家及這個民族命運的縮影。

文淵閣地處宮禁之內，收藏第一部《四庫全書》。每年九月，會曬書十天，以防蟲蛀潮濕。但自嘉慶朝後，清朝步向衰落，文淵閣全書塵封宮中，無人過問。至辛亥革命後，清皇室遷出故宮，文淵閣全書才暫歸清室善後委員會接管，不久正式交由故宮博物院圖書館保存。1931年「九‧一八」事變發生，故宮博物院圖書館將文淵閣《四庫全書》裝箱運往上海。其後隨着戰爭形勢變化，文淵閣《四庫全書》又被輾轉遷往重慶、南京等地，再運至台灣，現珍藏在台北故宮博物院。

位於東北盛京故宮內的文溯閣，收藏的是第二部《四庫全書》。沙俄帝國於光緒二十六年（1900年）侵佔東北三省。在動亂中，文溯閣《四庫全書》逐漸丟失。辛亥革命後，文溯閣全書於1914年一度運至北平（今北京），後於1925年運回，仍收藏在文溯閣，由保管委員會負責管理保存。1926年，保管委員會清點閣書，查出闕失16種72卷，隨即委派專人赴北平根據文淵閣《四庫全書》補抄齊全。1931年「九‧一八」事變發生，東北成立偽滿洲國，文溯閣全書也由偽滿國立奉天圖書館接管。日本投降後，則交由國民黨政府的國立瀋陽博物院圖書館保存。1948年，瀋陽解放，文溯閣《四庫全書》由東北人民政府文物處接管，後交東北圖書館（今遼寧省圖書館的前身）保存。1966年，文化部決定將文溯閣全書移交甘肅省圖書館代管。於是，文溯閣《四庫全書》由瀋陽遷往蘭州，迄今一直保存在甘肅省圖書館新建專庫中。

位於圓明園內的文源閣是收藏第三部《四庫全書》的地方。咸豐十年（1860年），第二次鴉片戰爭爆發，英法聯軍攻入京城，舉世聞名的圓明園被侵略軍的一把大火，燒得只剩殘垣斷壁，文源閣與《四庫全書》，也在這場浩劫中化為灰燼。

文津閣地處避暑山莊，收藏第四部《四庫全書》。宣統元年（1909年），學部籌建京師圖書館，決定將文津閣《四庫全書》移交該館收藏，但還未實行，清王朝即被推翻，成立民國政府。1914年，文津閣全書運到北平（今北京），1915年正式移交京師圖書館（原北京圖書館的前身，今中國國家圖書館）。經該館整理後，文津閣全書按原架陳列，向公眾開放。至今這部《四庫全書》仍珍藏於中國國家圖書館中，保存完好。

位於江浙的文宗閣、文匯閣、文瀾閣三部全書也未能倖免。道光二十年（1840年）第一次鴉片戰爭爆發時，英國侵略軍掠奪江蘇，文宗閣全書遭到破壞。咸豐三年（1853年），太平天國軍隊攻入鎮江、揚州，文宗閣和文匯閣在戰火中被焚毁，閣中珍藏的《四庫全書》也付之一炬，蕩然無存。至於文瀾閣，在咸豐十一年（1861年），太平天國軍隊第二次攻打杭州，文瀾閣在戰火中倒塌，閣中珍藏的《四庫全書》也大量散失。當地藏書家丁申、丁丙兄弟在避難時，發現市面上買賣食物的包裝紙竟然是《四庫全書》的書頁，十分吃驚，立即隨地撿拾搜訪，又委託書商代為收購，總計搶救出八千多冊，約佔《四庫全書》原有數量的四分之一。光緒七年（1881年），文瀾閣重建工程完成，丁氏兄弟又着手補抄，前後歷經6年，共補抄缺失書2,174種，補足缺卷書891種，合計26,380冊，基本恢復文瀾閣藏書的規模。1911年，浙江公立圖書館建成，文瀾閣全書移至該館保存。其後又經過幾次補抄及整理，江浙三閣僅存的這部《四庫全書》終成全本，現珍藏在浙江省圖書館。