在中国古代历史上，文治的兴衰往往与国运密切相关，国运兴而文治兴，国运衰而典籍亡。清代也不例外，《四库全书》的遭遇也如此。乾隆以后，清朝的统治由盛转衰，中国也进入一个多灾多难的历史时期，列强入侵，战乱频仍，人民饱经忧患，世事几度沧桑。在百多年的风风雨雨中，无论是北方的内廷四阁全书，还是南方的江浙三阁全书，都经历坎坷曲折的命运。有的不幸被毁，有的散失亡佚，当年各阁牙签插架、纸墨灿然的藏书盛况不复存在，七部《四库全书》，只有三部半得以保存至今。可以说，这部书籍的变迁，也是这个国家及这个民族命运的缩影。

文渊阁地处宫禁之内，收藏第一部《四库全书》。每年九月，会晒书十天，以防虫蛀潮湿。但自嘉庆朝后，清朝步向衰落，文渊阁全书尘封宫中，无人过问。至辛亥革命后，清皇室迁出故宫，文渊阁全书才暂归清室善后委员会接管，不久正式交由故宫博物院图书馆保存。1931年“九‧一八”事变发生，故宫博物院图书馆将文渊阁《四库全书》装箱运往上海。其后随着战争形势变化，文渊阁《四库全书》又被辗转迁往重庆、南京等地，再运至台湾，现珍藏在台北故宫博物院。

位于东北盛京故宫内的文溯阁，收藏的是第二部《四库全书》。沙俄帝国于光绪二十六年（1900年）侵占东北三省。在动乱中，文溯阁《四库全书》逐渐丢失。辛亥革命后，文溯阁全书于1914年一度运至北平（今北京），后于1925年运回，仍收藏在文溯阁，由保管委员会负责管理保存。1926年，保管委员会清点阁书，查出阙失16种72卷，随即委派专人赴北平根据文渊阁《四库全书》补抄齐全。1931年“九‧一八”事变发生，东北成立伪满洲国，文溯阁全书也由伪满国立奉天图书馆接管。日本投降后，则交由国民党政府的国立沈阳博物院图书馆保存。1948年，沈阳解放，文溯阁《四库全书》由东北人民政府文物处接管，后交东北图书馆（今辽宁省图书馆的前身）保存。1966年，文化部决定将文溯阁全书移交甘肃省图书馆代管。于是，文溯阁《四库全书》由沈阳迁往兰州，迄今一直保存在甘肃省图书馆新建专库中。

位于圆明园内的文源阁是收藏第三部《四库全书》的地方。咸丰十年（1860年），第二次鸦片战争爆发，英法联军攻入京城，举世闻名的圆明园被侵略军的一把大火，烧得只剩残垣断壁，文源阁与《四库全书》，也在这场浩劫中化为灰烬。

文津阁地处避暑山庄，收藏第四部《四库全书》。宣统元年（1909年），学部筹建京师图书馆，决定将文津阁《四库全书》移交该馆收藏，但还未实行，清王朝即被推翻，成立民国政府。1914年，文津阁全书运到北平（今北京），1915年正式移交京师图书馆（原北京图书馆的前身，今中国国家图书馆）。经该馆整理后，文津阁全书按原架陈列，向公众开放。至今这部《四库全书》仍珍藏于中国国家图书馆中，保存完好。

位于江浙的文宗阁、文汇阁、文澜阁三部全书也未能幸免。道光二十年（1840年）第一次鸦片战争爆发时，英国侵略军掠夺江苏，文宗阁全书遭到破坏。咸丰三年（1853年），太平天国军队攻入镇江、扬州，文宗阁和文汇阁在战火中被焚毁，阁中珍藏的《四库全书》也付之一炬，荡然无存。至于文澜阁，在咸丰十一年（1861年），太平天国军队第二次攻打杭州，文澜阁在战火中倒塌，阁中珍藏的《四库全书》也大量散失。当地藏书家丁申、丁丙兄弟在避难时，发现市面上买卖食物的包装纸竟然是《四库全书》的书页，十分吃惊，立即随地捡拾搜访，又委托书商代为收购，总计抢救出八千多册，约占《四库全书》原有数量的四分之一。光绪七年（1881年），文澜阁重建工程完成，丁氏兄弟又着手补抄，前后历经6年，共补抄缺失书2,174种，补足缺卷书891种，合计26,380册，基本恢复文澜阁藏书的规模。1911年，浙江公立图书馆建成，文澜阁全书移至该馆保存。其后又经过几次补抄及整理，江浙三阁仅存的这部《四库全书》终成全本，现珍藏在浙江省图书馆。