《水滸傳》的故事是從「洪太尉誤走妖魔」開始寫起，它象徵性地描寫了宋江等人受主流社會排斥，以及他們的反抗舉動。接下來具體描寫了浮浪子弟高俅以踢得一腳好氣毬而受寵，一直官至太尉，掌管朝廷的軍政大權，這暗示了社會動亂實際上是從上層開始。在這一背景下，作者進一步描寫了社會、政治的黑暗與腐敗。「自古權奸害善良，不容忠義立家邦」，作品通過一個個英雄好漢因為不堪忍受屈辱，揭竿起義，佔山為王，生死相助，建立起若干獨立的山寨據點，最後各路英雄齊集水泊梁山。

梁山英雄在宋江的領導下，展開了與貪官污吏和社會邪惡勢力的抗爭，兩贏童貫、三敗高俅，又多次攻打祝家莊、曾頭市等地，取得了多次勝利。但是，由於宋江力爭得到朝廷的招安，最後梁山泊義軍全體歸順了朝廷，經過征遼，平田虎、王慶，以及平方臘的戰爭，水滸一百零八將死散殆盡，宋江等更屈死於奸臣的陷害，全書便在這種悲劇的氣氛中結束。在中國文化史上，《水滸傳》的出現雖然不是絕無僅有，卻也是驚世駭俗的。在這裏，不但那些社會底層的販夫走卒、衙吏軍漢、獵戶漁民等普通民眾成了作品的主人公，更不可思議的是，在傳統觀念中的「盜賊」之流竟然受到作者的頌揚。

「亂由上作」、「官逼民反」是小說的核心內容，宋江、魯智深、林沖、武松等眾多英雄好漢，由於社會上各種各樣邪惡勢力的迫害，生存維艱，不得不嘯聚山林，走上反抗的道路。他們始終以「替天行道」為己任，「全施仁德於民」，希望「剪除君側元凶首惡」，「貪官污吏都殺盡」，建立一個清平安寧的社會。《水滸傳》寫出了梁山英雄如何由分散的個人復仇走向集中的團隊反抗之發展過程，不但深刻地揭示出當時社會、政治的黑暗，也表現了作者謀求改變這種現狀的思想。而在以梁山好漢聚義為中心線索的描寫中，作者還展示了城鄉人民日常生活的廣闊畫卷。

據史書記載，最初宋江一夥只有36人（或指36頭領），後來在小說、戲曲中逐漸發展至108將。他們來自社會的各個階層，因而具有廣泛的代表性，也反映了「八方共域，異姓一家」的社會理想。