南诏建国以前，普遍信仰原始宗教，尤以鬼教较为盛行。建国以后，历代诏王多推崇佛教，晚期特别兴盛，兴建了不少佛寺与佛塔。家家户户，都以敬佛为其首务。南诏佛教以阿咤力教为主，后期每以阿咤力僧为国师，反映出阿咤力教的影响很大。除阿咤力教外，南诏也有禅宗等派流传，但多限于王室贵族之中。南诏兼奉道教，劝丰佑时曾一度加以禁废。此外，南诏还信奉一些别的宗教，如巫教、景教等。

阿咤力教属于大乘瑜珈密宗，是南诏佛教的主要派别。其教僧人可以建立家庭，娶妻生子；多有较高的法术，可以呼风唤雨、穿山涉水等；轻经义而重巫咒，特别崇奉密教观音、大黑天神；具有较高的文化修养，常常参与朝政大事。南诏至于元明，阿咤力教在云南一直盛行不衰。与中原佛教密宗和藏传佛教密宗相比，阿咤力教具有明显的个性特征。

师僧是南诏时期对阿咤力僧的称呼。除读佛经外，也读儒书，教授童子，是当时文化水平最高的部分人士，故又称“儒释”或“释儒”。南诏后期，师僧已经参与政事。至大理国，开科取士，规定僧道读儒书者方可应举，故其所取多为师僧──“选官置吏，皆出此辈”。师僧制度是南诏大理佛教特有的一种制度。

南诏时期，爨蛮各部多数信行鬼教。其教崇奉巫鬼，称其首领为“鬼主”。在原始信仰的基础上，南诏时期还发展出一种本主崇拜。所谓“本主”，白语称为“武增”，意即“我们的主人”。其所崇奉的对象，被视为是某一地方独有的保护神。本主来源极广，诏王、清平官、大军将乃至汉族人物均可选为本主，如诏王细奴逻、勇士段赤诚、唐将李宓即都成为了本主。本主有像，平时供于庙中，遇节祭时抬出巡游村落，称“本主出巡”，以求人畜平安，五谷丰登。本主多是一村一个，相互之间没有必然联系。

此外，道教也在南诏时期颇有影响。点苍会盟采取三官手书的形式，大长和国郑仁旻死于服食丹药，都是信奉道教的结果。南诏晚期，曾从成都俘获大秦僧人南来。大秦僧人即景教（基督教）僧人，说明景教也或对南诏发生影响。

崇圣寺塔也称千寻塔，位于云南大理崇圣寺内，据称造于南诏劝丰佑时（公元824－859年）。塔高69.13米，共16层，密檐方形。塔身中空，有楼梯可上塔顶。塔顶有剎，塔剎由中心柱、宝顶、宝盖、相轮和莲花座组成，宝顶铜铸，呈葫芦形。塔顶四角各有一只铜铸大鹏金翅鸟。崇圣寺塔的建造设计，是中原汉族与西南民族文化交流的结晶。经过多次地震，此塔安然无恙，至今仍然屹立在苍山洱海之间，为中国古代四大名塔之一。大理国时，复在两旁兴建两座小塔，合称“三塔”。