南詔建國以前，普遍信仰原始宗教，尤以鬼教較為盛行。建國以後，歷代詔王多推崇佛教，晚期特別興盛，興建了不少佛寺與佛塔。家家戶戶，都以敬佛為其首務。南詔佛教以阿吒力教為主，後期每以阿吒力僧為國師，反映出阿吒力教的影響很大。除阿吒力教外，南詔也有禪宗等派流傳，但多限於王室貴族之中。南詔兼奉道教，勸豐佑時曾一度加以禁廢。此外，南詔還信奉一些別的宗教，如巫教、景教等。

阿吒力教屬於大乘瑜珈密宗，是南詔佛教的主要派別。其教僧人可以建立家庭，娶妻生子；多有較高的法術，可以呼風喚雨、穿山涉水等；輕經義而重巫咒，特別崇奉密教觀音、大黑天神；具有較高的文化修養，常常參與朝政大事。南詔至於元明，阿吒力教在雲南一直盛行不衰。與中原佛教密宗和藏傳佛教密宗相比，阿吒力教具有明顯的個性特徵。

師僧是南詔時期對阿吒力僧的稱呼。除讀佛經外，也讀儒書，教授童子，是當時文化水平最高的部分人士，故又稱「儒釋」或「釋儒」。南詔後期，師僧已經參與政事。至大理國，開科取士，規定僧道讀儒書者方可應舉，故其所取多為師僧──「選官置吏，皆出此輩」。師僧制度是南詔大理佛教特有的一種制度。

南詔時期，爨蠻各部多數信行鬼教。其教崇奉巫鬼，稱其首領為「鬼主」。在原始信仰的基礎上，南詔時期還發展出一種本主崇拜。所謂「本主」，白語稱為「武增」，意即「我們的主人」。其所崇奉的對象，被視為是某一地方獨有的保護神。本主來源極廣，詔王、清平官、大軍將乃至漢族人物均可選為本主，如詔王細奴邏、勇士段赤誠、唐將李宓即都成為了本主。本主有像，平時供於廟中，遇節祭時抬出巡遊村落，稱「本主出巡」，以求人畜平安，五穀豐登。本主多是一村一個，相互之間沒有必然聯繫。

此外，道教也在南詔時期頗有影響。點蒼會盟採取三官手書的形式，大長和國鄭仁旻死於服食丹藥，都是信奉道教的結果。南詔晚期，曾從成都俘獲大秦僧人南來。大秦僧人即景教（基督教）僧人，說明景教也或對南詔發生影響。

崇聖寺塔也稱千尋塔，位於雲南大理崇聖寺內，據稱造於南詔勸豐佑時（公元824－859年）。塔高69.13米，共16層，密檐方形。塔身中空，有樓梯可上塔頂。塔頂有剎，塔剎由中心柱、寶頂、寶蓋、相輪和蓮花座組成，寶頂銅鑄，呈葫蘆形。塔頂四角各有一隻銅鑄大鵬金翅鳥。崇聖寺塔的建造設計，是中原漢族與西南民族文化交流的結晶。經過多次地震，此塔安然無恙，至今仍然屹立在蒼山洱海之間，為中國古代四大名塔之一。大理國時，復在兩旁興建兩座小塔，合稱「三塔」。