建文元年（1399年）七月，燕王朱棣打起“靖难”的大旗，指责建议建文帝削藩的齐泰、黄子澄是朝廷奸臣，以“清君侧”为名，起兵造反，开始了长达四年的靖难之役。最后，建文帝兵败，帝位被夺，他本人则下落不明。朱棣夺位后，随即大肆屠杀和迫害建文遗臣及其家属，其手段之狠毒残酷，令人发指。那么，建文帝为何兵败？朱棣又为何用如此暴虐的手段摧残建文遗臣？
削藩失当
建文帝即位时只有22岁，性格宽仁而柔弱，是个缺乏社会经验的书生型皇帝。建文帝即位之初，朱棣亲自入朝，自恃皇叔身份，走了皇帝才能走的道路——“皇道”，见到建文帝后，又摆起叔叔的架子，不行君臣大礼。监察御史曾凤韶弹劾其不敬，建文帝却说：“至亲勿问”。户部侍郎卓敬也密奏，以燕王“智虑绝人”，建议将其徙封到南昌，但建文帝览奏后不置可否。第二天，他亲自召见卓敬，问：“燕王骨肉至亲，何得及此？”卓敬说：“隋文、杨广非父子耶！”建文帝默然良久，说了声：“卿休矣”，示意卓敬退下。不久，朱棣得以返回北平，无异是放虎归山。
建文帝倚重的大臣，多和他一样是饱读诗书，但不谙军事。兵部尚书齐泰、太常寺卿黄子澄力主削藩，但到底应怎样削藩，却出现分歧。黄子澄认为燕王实力强大，应先削弱小的周、齐、代诸王，去燕王的羽翼，待时机成熟再削燕王。齐泰则认为应擒贼先擒王，只要先铲除燕王，其他诸王自然无力反抗。最后建文帝听信黄子澄的意见，此举自然会打草惊蛇，朱棣为求自保，加速谋反的步伐。他为了释除朝廷的疑虑，派了三个儿子高炽、高煦、高燧进京行礼，过了一段时间又上书称病，请求遣还三子。这时齐、黄又出现意见分歧，齐泰主张扣押三子，黄子澄却主张遣还。他认为此举可令燕王不疑，然后派兵突袭，可以一网成擒，真是愚不可及。齐、黄二人都难成大事，但遇到齐、黄意见不协，建文帝总是听信黄子澄的话。事实证明，放还燕王之子，就是致命的错误。当初世子入京，燕王大概忧虑又后悔，当他们返回北平后，燕王兴奋地说：“吾父子复得相聚，天赞我也。”不久燕王起兵造反，朱高煦屡次击败官军。
靖难之役
建文帝派兵平叛，于大殿为众将送行。他告诫将士说：“今尔将士与燕王对垒，务体此意，毋使朕有杀叔父名。”朱棣造反，谋危社稷，双方主力尚未交锋，建文帝竟讲明，不能让这位反贼叔父有损伤。诸将投鼠忌器，朱棣则利用建文帝这一错误命令，屡次在战败时脱身。此后，建文帝将又在朝中与方孝孺研究复古改制，方孝孺的道德文章确实是一流的，但他是个复古派，在生死存亡的决战时刻，讨论恢复井田制和周朝礼制，则是极其迂腐的。
自朱棣起兵以来，燕军气势汹汹，但鏖战三年，仅据北平、保定、永平三郡而已，战争处于僵持局面。可是，由于建文帝严格管束宦官，又惩处了一些打着皇帝旗号出外勒索的宦官，令不少宦官心怀怨恨，纷纷向朱棣透露了京师空虚的情报，并表示愿充当燕军内应。
从建文四年（1402年）正月起，朱棣率领不足十万将士，从北平出发，绕过德州，渡过黄河，进入徐州。驻扎在山东境内的官军闻讯后，开始在后追赶，双方在安徽境内大战一场，官军失利。接着，燕军攻破平燕将军盛庸的防线，强渡淮河，进入南方，又攻下扬州，抵达浦口，与盛庸的水军在长江隔江对峙。不料盛庸手下的都督佥事陈瑄叛投燕王，令保卫南京的最后一条防线崩溃了。此时，南京城内有力主守城和力主谈判两种声音。但事已至此，朱棣岂肯罢手？最终李景隆打开了城门，迎接燕王入城。李景隆为何要打开城门？因为各地的兵马已经不愿拱卫南京，建文帝只好在南京附近招募士兵，但这些毫无作战经验的新兵又岂能保卫南京？就这样，朱棣进入南京承继大统。
建文帝失败的重要原因，在于他用人不明。齐泰、黄子澄都是一介书生，不足以谋大事。至于他将平叛大权交给李景隆更是大错特错，李景隆虽是名将李文忠之子，却是个纨绔子弟，朱棣就曾说李景隆是“膏粱竖子耳！寡谋而骄矜，色厉而中馁，未尝习兵见阵，而辄以五十万付之，是自坑之也。”李景隆不但屡被朱棣击败，临阵逃跑，而且最后开城投降。建文帝将平叛大权交给这种人，岂有不败之理？
迫害遗臣
朱棣即位后，就严禁民间议论和记载建文朝的事迹，违者以“怀疑怨谤”的罪名灭族，此外还要篡改和伪造历史。于是，《明成祖实录》如此写道：建文四年六月，“靖难”军打到南京金川门，建文君欲出迎，左右悉散，惟内侍数人而已，乃叹曰：“我何面目相见耶！遂阖（关闭）宫自焚”。朱棣马上派遣太监前往救援，无奈为时已晚，太监从火中找出“建文君”的尸体，于是报告燕王。燕王哭着说：果然如此痴呆？我来是为了扶翼你为善，你竟浑然不觉，而走上绝路！
须知史家的笔法相当讲究，对朱允炆既不称惠帝，也不称建文帝，而改称“建文君”，表明其并非帝位的合法继承人。他因为无脸见人，才畏罪自杀，燕王则显得大仁大义，不计前嫌。不难看出，此乃史官的粉饰之辞，殊不足信。事实上，朱棣上台后，大肆屠杀齐泰、黄子澄、方孝孺等建文忠臣，其残酷之程度，比起朱元璋惩处胡惟庸、蓝玉等案毫不逊色。
朱棣最痛恨的是兵部尚书齐泰和太常寺卿黄子澄，方孝孺尚非其名单中人，可是方氏一门死得最惨。朱棣起兵时，谋士姚广孝曾叮嘱他：“杀方孝孺，天下读书种子尽矣。”朱棣进入南京后，想借重方孝孺的名声，为他起草即位的诏书。他把方孝孺从狱中放出来，在殿上相见。方孝孺身穿重孝，于廷上大哭。对着朱棣也不施礼。朱棣说自己是效法周公辅成王，方孝孺反讥成王（指建文帝）既死，为何不立成王之子、成王之弟？朱棣无法回答，推脱是自己家事。他给方孝孺纸笔，请他草诏，孝孺则乱批数字，掷笔于地，边哭边骂道：“死即死耳，诏不可草。”朱棣大怒，威胁灭他九族，方孝孺毫不畏惧地说：“便十族奈我何！”于是朱棣命人逮捕其九族亲眷，外加学生，凑成十族，共873人，依次杀戮于方孝孺面前，最终再将方孝孺杀死。方孝孺被灭十族，祸连朋友门生，实为旷古未有。
黄子澄首倡削藩，是朱棣起兵时宣称要消灭的第一个“奸臣”。由于没有任何退路，在朝廷之上，他对朱棣口称“殿下”而不是“陛下”，嬉笑怒骂，无所不至。朱棣大怒，将黄子澄杀害，并将其一家老小斩首，数百名亲戚全部发配边疆。建文帝的兵部尚书铁铉被捕押往京师，朱棣坐于御座，铁铉背立殿廷，至死不转身面对朱棣，不肯趋附，其后被朱棣残害，一家男女或流放发配，或没入教坊司。建文帝次子则被禁锢在一个没有门窗的房子里，每日只在一个碗口大的洞里递进饮食。五十余年后获明英宗释放时，已成为一个不辨牛马为何物的废人。
此次朱棣杀害不肯趋附的臣子及其家属，在万人以上。除了因其性格残忍嗜杀外，也因其心虚，乃至长期处于恐惧不安所致。无论朱棣如何讲尽谎言，如何篡改历史，他从侄子手上夺取帝位的事实，是无法掩饰的。由他登基的那一天起，就背负上篡弑的恶名，不服他的人大有人在，甚至有人差点把他杀死。如原本与朱棣颇有交情的景清，对建文帝忠心耿耿，在朱棣登基后委身于朝班很长时间，直至有一天，暗藏利刃行刺朱棣未果而惨死。其族人甚至街坊邻居都受到牵连，惨遭横祸的无辜民众甚多。朱棣对建文旧臣的杀戮前后长达十余年之久，在晚年时法禁犹严，直到仁宗朱高炽即位后，这种情况才有所改变。
