丹霞地貌区的宏观自然特征，一般服从于所处的自然带或自然地理特征。不同自然带或地区的丹霞地貌都具有独特的自然特征。

亚热带湿润区的丹霞地貌可分为东南丘陵区、云贵高原区和四川盆地区，因为其大地构造背景的差异，导致了地形起伏和地势高低的不同，进而影响了气候与水文的差异，形成不同的大区域地理环境差异。如东南部低海拔条件下发育了与东南部亚热带常绿阔叶林一致的地带性植被；四川盆地边缘的红层区发育了盆地—高原过渡型的山地丹霞地貌，相对高度较大的区域可见自然带的显著垂直变化，而盆地内部的低海拔丹霞地貌区与东南部地区的自然特征无异；云南的红层主要分布在横断山区，地壳运动强烈，形成了高原山地型丹霞，随着当地的海拔高程而发育了与高原─高山型自然带一致的自然地理特征。

东北和华北的丹霞地貌大多为低海拔丘陵型丹霞，地表自然地理特征与温带湿润—半湿润区的地带性特征一致，一般为落叶阔叶林和针叶─落叶阔叶混交林。但这些地区受人类活动影响较大，许多地方植被退化严重或全部为人工植被所替代。

西北地方的丹霞地貌基本上处于干旱—半干旱荒漠区，丹霞地貌也基本上是全裸露的自然景观。在高海拔较湿润的山地或有流水的沟谷缓坡可能有一定的植被分布。青藏高原上丹霞地貌区的自然地理特征则主要取决于海拔高度，3500米以下的坡麓和山顶可能分布着高山林带，4000米左右的高原面上主要为疏林草地或草甸草原，到4500米以上基本上是高寒荒漠与冰雪带的丹霞了。

除了宏观的自然特征外，丹霞地貌区还会出现中尺度的地理环境差异，即丹霞地貌区和同区域、同纬度非丹霞地貌区的差异。丹霞地貌区复杂的地形强化了局部的小气候，往往出现与相邻非丹霞地区的自然地理差异。如丹霞山属于中亚热带南部边缘，地带性植被属于亚热带常绿阔叶林向南亚热带季风性常绿阔叶林的过渡带，但因有许多较为封闭的沟谷，空气流通性较差，湿度较大，光照时数较少但热量不易散失，成为热量、水分、落叶、种子等汇集区，形成“沟谷热岛效应”。

处于南岭北侧的崀山丹霞地貌区，其植物的热带型属占该区总属数的47.62%，高于邻近的非丹霞地貌区舜皇山自然保护区。此外，丹霞地貌区因为生境复杂，形成了多样化的生态系统，还为许多濒临灭绝的物种提供了庇护所，并拥有大量特有物种，如丹霞山已发现5种特有植物。

小尺度的分异指地貌单元尺度，如山块尺度、沟谷尺度等。典型的丹霞地貌特别是东南部峰林峰丛型丹霞地貌区，山块往往具有强烈的离散性，即山块之间是分离的，四壁陡立，没有山脊相连，形成一个个“孤岛”状山头。这种情况在西部高原型和连绵山地型丹霞地貌区表现不明显，那里基本上与自然地理地带一致。