齐云山国家森林公园于1993年5月经中国林业部批准建立，占地面积6,547公顷，其中森林面积5,447公顷，森林覆盖率达83.2%。公园主要景区有齐云山景区、凤凰山景区、皖南野生动物救护中心景区、岭南林场景区、西田林场景区、钟塘苗圃景区等。

珍稀植物

齐云山国家森林公园属于皖南山地丘陵植被区，植物资源丰富，天然常绿阔叶林占68%。拥有国家重点保护的野生植物有36种，其中一级保护的7种，二级保护的21种，三级保护的8种。珍稀和名贵植物主要有：

榔梅，蔷薇科，又名古梅，落叶木本植物，被道教尊为神树，其果被尊为圣果。据明代《齐云山志》记载，嘉靖五年（1526年）齐云山道士方琼真访武当山，带回两株榔梅苗木，植于月华街景区的洞天福地，现仅存一株，其干围1.5米，高12.6米，至今仍苍劲古朴，一枝干横空出世，别具情趣和顽强生机。每当瑞雪纷飞，该株古梅更显得铁骨刚毅，散发出阵阵清香。

银杏，银杏科，银杏属。落叶高大乔木。俗名白果树，又名“鸭脚树”。中国特有树种，著名的“活化石”，为中华国树，也是银杏科唯一现存的种类。常见栽植于村口道旁及道观古刹前，齐云山景区以洞天福地一株为最，树龄超过百年，高二十余米，树干高耸，秋叶黄色，点缀于万绿丛中，一派生机。

南方红豆杉，红豆杉科，红豆杉属。南方红豆杉是中国特有的亚热带至暖温带树种之一，它历经了第四纪冰川的劫难，从九死一生的困境中走出来，并顽强地繁衍至今。齐云山国家森林公园各景区的阔叶林中大多生长有南方红豆杉天然林。

香榧，红豆杉科，香榧属。常绿乔木。香榧是中国特有的第三纪孑遗树种。从开花到结果，要通过三年孕育才会成熟，枝头上三代同堂，因此，香榧为“三代果”，有“寿星树”、“千年树”之称，四季常青，伟岸挺拔，冠茂如伞，婆娑多姿。香榧具有较高的药用价值和养生价值。齐云山国家森林公园山地均分布有香榧树种。

榉树，榆科，榉树属。落叶大乔木，喜光、耐旱、耐寒，抗风力强，寿命长。榉树树形优美，秋叶红色，是良好的观赏树和绿化树种。齐云山景区的榉树以梦真桥畔一株古榉树为最，树龄超过四百八十余年，高30米，树干围4.2米，枝叶繁茂，冠似华盖，绿荫蔽日，十分雄伟，又因“榉”谐音“举”，引申为“科考中举”之意，被当地人尊为“状元树”，成为广大游人膜拜圣树。

紫楠，樟科，紫楠属，又名金丝楠，常绿大乔木。楠木是中国最珍贵的特有树种之一。其木质细致，纹理美观，不翘不裂，耐湿不腐，遇火难燃，芳香而有光泽。齐云山景区月华街楠木谷内均为天然的金丝楠，其面积超过6,000平方米，密林深邃，冠覆绵连，香气飘逸，蔚为壮观。

千年紫藤，蝶形花科，紫藤属。木质落叶藤本植物。齐云山景区紫藤满山遍野分布，以楼上楼一株尤其引人注目。它不仅奇在有千年的树龄，而且树形奇特：自基部分为两株，每株都有三十多米长，干围达76厘米，似两条饱经风霜的苍龙攀崖而上，长年累月守护着楼上楼。春夏之交，紫色花开，点缀绿丛之中，悬挂在楼上楼的峭壁之上，像是紫色的帐帘，更增添楼上楼的神秘和幽静。

珍贵动物

齐云山属于低缓山岳风景名胜区。这里山清水秀，林深叶茂，旱涝无忧，气候复杂，地形多样，是野生动物的乐园。据调查统计，齐云山国家森林公园内的动物资源有兽类动物49种，鸟类200余种，爬行类45种（类），鱼类17种，昆虫类12目160余，科700余种，两栖类20余种。其中属于国家重点保护的野生动物有白颈长尾雉、梅花鹿、黑麂、金钱豹、黑熊、水獭、鬣羚、大灵猫、白鹇、大鲵、猕猴、花面狸、平胸龟、豪猪、小灵猫、白鹳、穿山甲、草鸮等23种，其中一级保护的7种；属于安徽省地方保护的野生动物有红嘴相思鸟、豹猫、黄麂、夜鹰、尖吻蝮、红嘴蓝鹊、四声杜鹃、斑啄木鸟、黑枕黄鹂、金腰燕、黄鼬、鼬獾、棕噪鹛等25种。