齊雲山國家森林公園於1993年5月經中國林業部批准建立，佔地面積6,547公頃，其中森林面積5,447公頃，森林覆蓋率達83.2%。公園主要景區有齊雲山景區、鳳凰山景區、皖南野生動物救護中心景區、嶺南林場景區、西田林場景區、鐘塘苗圃景區等。

珍稀植物

齊雲山國家森林公園屬於皖南山地丘陵植被區，植物資源豐富，天然常綠闊葉林佔68%。擁有國家重點保護的野生植物有36種，其中一級保護的7種，二級保護的21種，三級保護的8種。珍稀和名貴植物主要有：

榔梅，薔薇科，又名古梅，落葉木本植物，被道教尊為神樹，其果被尊為聖果。據明代《齊雲山志》記載，嘉靖五年（1526年）齊雲山道士方瓊真訪武當山，帶回兩株榔梅苗木，植於月華街景區的洞天福地，現僅存一株，其幹圍1.5米，高12.6米，至今仍蒼勁古樸，一枝幹橫空出世，別具情趣和頑強生機。每當瑞雪紛飛，該株古梅更顯得鐵骨剛毅，散發出陣陣清香。

銀杏，銀杏科，銀杏屬。落葉高大喬木。俗名白果樹，又名「鴨腳樹」。中國特有樹種，著名的「活化石」，為中華國樹，也是銀杏科唯一現存的種類。常見栽植於村口道旁及道觀古刹前，齊雲山景區以洞天福地一株為最，樹齡超過百年，高二十餘米，樹幹高聳，秋葉黃色，點綴於萬綠叢中，一派生機。

南方紅豆杉，紅豆杉科，紅豆杉屬。南方紅豆杉是中國特有的亞熱帶至暖溫帶樹種之一，它歷經了第四紀冰川的劫難，從九死一生的困境中走出來，並頑強地繁衍至今。齊雲山國家森林公園各景區的闊葉林中大多生長有南方紅豆杉天然林。

香榧，紅豆杉科，香榧屬。常綠喬木。香榧是中國特有的第三紀孑遺樹種。從開花到結果，要通過三年孕育才會成熟，枝頭上三代同堂，因此，香榧為「三代果」，有「壽星樹」、「千年樹」之稱，四季常青，偉岸挺拔，冠茂如傘，婆娑多姿。香榧具有較高的藥用價值和養生價值。齊雲山國家森林公園山地均分布有香榧樹種。

櫸樹，榆科，櫸樹屬。落葉大喬木，喜光、耐旱、耐寒，抗風力強，壽命長。櫸樹樹形優美，秋葉紅色，是良好的觀賞樹和綠化樹種。齊雲山景區的櫸樹以夢真橋畔一株古櫸樹為最，樹齡超過四百八十餘年，高30米，樹幹圍4.2米，枝葉繁茂，冠似華蓋，綠蔭蔽日，十分雄偉，又因「櫸」諧音「舉」，引申為「科考中舉」之意，被當地人尊為「狀元樹」，成為廣大遊人膜拜聖樹。

紫楠，樟科，紫楠屬，又名金絲楠，常綠大喬木。楠木是中國最珍貴的特有樹種之一。其木質細緻，紋理美觀，不翹不裂，耐濕不腐，遇火難燃，芳香而有光澤。齊雲山景區月華街楠木谷內均為天然的金絲楠，其面積超過6,000平方米，密林深邃，冠覆綿連，香氣飄逸，蔚為壯觀。

千年紫藤，蝶形花科，紫藤屬。木質落葉藤本植物。齊雲山景區紫藤滿山遍野分布，以樓上樓一株尤其引人注目。它不僅奇在有千年的樹齡，而且樹形奇特：自基部分為兩株，每株都有三十多米長，幹圍達76厘米，似兩條飽經風霜的蒼龍攀崖而上，長年累月守護着樓上樓。春夏之交，紫色花開，點綴綠叢之中，懸掛在樓上樓的峭壁之上，像是紫色的帳簾，更增添樓上樓的神秘和幽靜。

珍貴動物

齊雲山屬於低緩山嶽風景名勝區。這裏山清水秀，林深葉茂，旱澇無憂，氣候複雜，地形多樣，是野生動物的樂園。據調查統計，齊雲山國家森林公園內的動物資源有獸類動物49種，鳥類200餘種，爬行類45種（類），魚類17種，昆蟲類12目160餘，科700餘種，兩棲類20餘種。其中屬於國家重點保護的野生動物有白頸長尾雉、梅花鹿、黑麂、金錢豹、黑熊、水獺、鬣羚、大靈貓、白鷳、大鯢、獼猴、花面狸、平胸龜、豪豬、小靈貓、白鸛、穿山甲、草鴞等23種，其中一級保護的7種；屬於安徽省地方保護的野生動物有紅嘴相思鳥、豹貓、黃麂、夜鷹、尖吻蝮、紅嘴藍鵲、四聲杜鵑、斑啄木鳥、黑枕黃鸝、金腰燕、黃鼬、鼬獾、棕噪鶥等25種。