五四运动的胜利并没有扫除压在中国人头上的阴霾，山东的权益依旧被日本霸占，这个问题要待到1921年11月12日在华盛顿召开的九国会议，才着手解决。经过艰苦的谈判，1922年2月4日，中日终于签署了《解决山东悬案条约》，把青岛和胶济铁路交还中国。另一方面，一些知识分子看到学生冲出校门后的隐忧，这些人都是五四爱国运动的热情支持者，他们的思考和警示，体现着先觉者的睿智，而争议的焦点，则在法治和个人自由的保障上。

当时的中国还没有一套关于游行示威的法规，如何处理群众运动与法治的关系，仍有待解决。5月4日那一天，打伤了章宗祥，放火烧了曹汝霖的住宅，大家都拍手称快。5月10日北京检察厅传学生到庭预审，厅长问：“伤人放火，是否尔等率领所为？”答否。又问是否有人主使？答“各人具有良心，谁能主使。”32位被捕学生还发表了一个声明，质问为什么不检控曹、章等的卖国罪，而要提传我们？为什么不传参加游行的全体学生，而要单独提传我们？这些都得到多数人的赞同。与众不同的是北大讲师梁漱溟，他说：“纵然曹、章罪大恶极，在罪名未成立时，他仍有他的自由。我们纵然是爱国急公的行为，也不能侵犯他，加暴行于他。……绝不能说我们所作的都对，就犯法也可以使得；我们民众的举动，就犯法也可以使得。在事实上讲，试问这几年来哪一件不是借着‘国民意思’四个大字不受法律的制裁，才闹到今天这个地步？”因此，他说：“我愿意学生事件付法庭办理，愿意检厅去提起公诉，学生去遵判服罪。”

反对梁漱溟主张的意见占上风。最具代表性的有两点：一是法律应该为正义事业服务，他们说：“我们人类现在既已承认学生运动是合乎正义的，国家和法律也应该跟着我们人类往一条路上走”；二是认为群众的正义行动可以侵犯个人自由：“梁君说无论什么人，有他的自由，不许他人侵犯，这话本来极是。可是侵犯人的，要是出于群众的行动，那就不能这样的说法了。法国在欧战初起的时候有个极有名的社会党领袖，因为主张平和，给群众打死，后来并没有发生法律上的问题。这种事情实例不知有多少。”

蔡元培和胡适等也敏锐察觉到学生运动中出现了一些应及早注意的问题。蔡元培复出后便婉转忠告学生：“政治问题，因缘复杂”，“自今以后，愿与诸君共同尽瘁学术，使大学成为最高文化中心，定吾国文明前途百年大计。”胡适热情支持学生：“现在许多人说学生不应干预政治，其实不是自己要这样干，政府太卑劣腐败了，国民又没有正式的纠正机关（如代表民意的国会之类），那时候干预政治的运动，一定是从青年的学生界发生的”，但他同时提出一系列忠告。

当时最令蔡元培、胡适他们头痛的，是学生动辄罢课，为了收讲义费，也罢起课来。五四一周年，胡适与蒋梦麟联名在《晨报》上说：“我们对于学生的忠告，是单靠罢课作武器是下下策，可一而再，再而三的么？”他们指出：“养成无意识的盲从，个人不认真思考为什么要这样做，养成依赖群众的恶心理……自己躲在大众群里跟着呐喊。这种依赖群众的心理是懦夫的心理。”他们关注的另一焦点是维护和扩大个人自由。胡适和蒋梦麟提醒学生，最不可少的精神之一是在团体生活中，要“容纳反对党的意见。现在学生会议的会场上，对于不肯迎合群众心理的言论，往往有许多威压的表示，这是暴民专制，不是民治精神。民治主义的第一个条件，就是要使各方面的意见，都可自由发表。”他们期望学生懂得“民治主义的第二个条件，是人人要负责任，要尊重自己的主张，要用正当的方法来传播自己的主张。”

学生中出现那些不健康现象，无非是还没有养成民主、法治习惯的恶果，几年后，政党利用这些弱点插手学生运动，便将问题复杂化了。1925年11月29日，北京学生竟把《晨报》烧掉，原因仅是该报批评了国民党和苏联。事后陈独秀对胡适说“你以为《晨报》不该烧吗?”胡适十分沉痛地指出：“《晨报》近年的主张，无论在你我眼睛里为是为非，决没有‘该’被自命争自由的民众烧毁的罪状……凡不承认异己者自由的人，就不配争自由，就不配谈自由。”不幸言中，几年后国民党的专制统治就建立起来，新文化运动也随之被扼杀，没有完成思想革命的历史重任。