当时的中央政府是个弱势政府，两广、云贵、川湘等省另组政府，不听号令，其他地区则直、皖、奉等系军阀各据一方，总统徐世昌、总理钱能训皆前清官僚，并无实力。客观环境加上徐氏个性素主调和，本该能稳妥处理。但对于手无寸铁的学生来说，他们仍是强者，在幕后操纵政局的皖系军阀段祺瑞，支持段氏的安福系政客翻云覆雨，日本又频频施压的情况下，政府遂倾向对内镇压，对外妥协，抗争风潮因而一再被激起，使运动延续了将近两个月。

1919年5月4日晚上，政府要员在总理钱能训家里开会，讨论对付学生的措施。除了教育总长傅增湘外，几乎一致主张禁止集会，严惩学生，罢免校长，甚至解散大学。京畿警备总司令段芝贵说：“宁可十年不要学校，不可一日容此学风！”躲在使馆区豪华饭店中的曹汝霖，亦以总长身份给交通部打电话，下令各电报局不得发有关这次学潮的电报，致令学生的通电，皆由外国电报局发出。5月5日，教育部即训令各校，查明为首滋事学生，一律开除。后来的行动表明，他们确实在贯彻这些措施，只是有些事办不到罢了。

北京到处张贴禁止集会结社的布告。国民外交协会早就决定5月7日（“中日二十一条”国耻纪念日）在中央公园开国民大会，当局下令禁止。当天10时起，中央公园的门被封了，天安门两三里范围内的交通遭断绝，两千多巡警，几百马队，如临大敌，冲散聚集的人群。校内集会也有军警进来干涉。北京大学理科与商界在校内开恳亲会讨论提倡国货，当局竟派三百多军警来恫吓、驱赶。几乎各校都发生类似情况。北大、清华等校皆被军警严密监视。

北京学生联合会出版，并破天荒由学生亲自上街贩卖的《五七》日刊，不到三天，就销了四五千份。员警厅随即禁制、没收，并查封印刷厂。自5月23日起，员警厅派员进驻《晨报》、《国民公报》，检查稿件。《晨报》发表声明：“在此监视状态之中，凡读者诸君极感兴味极欲闻知之言论事实，不敢保其不受限制”，只能“于消极的自由范围内，期不失本报特色。”8月30日《每周评论》也被查封。此外，政府还查禁了《民声丛刊》、《进化杂志》、《工人宝鉴》等书刊。5月23日的《益世报》转载21日《新闻报》山东第五师10,080名军人的通电，表示支持北京学生，并谓“同胞欲御外侮，必先除去曹、章、陆、徐（树铮）四国贼”，“军人等惟以铁血为诸君后盾。”当晚报社即被查封，控以妨碍治安、侮辱官吏及煽惑罪。律师刘崇佑辩护道：“报馆有闻必录乃其天职”，“国家许设报馆，原使之批评时政、臧否人物……批评臧否即有是非之谓，是者不足为阿谀，非者亦不能指为谩骂”，且原载既未被控，转载何罪？但法庭还是判了该报负责人一年徒刑。

五四运动的爆发，保守势力纷纷归罪于新文化运动，归罪于支持新文化的北大校长蔡元培。蔡元培辞职，安福派喜出望外，想趁机夺取教育大权，即提出由马其昶继任。任命书已经盖印，但遭教育总长傅增湘坚决反对，只好扣下不发。总理钱能训怏怏不快说：“汝说蔡鹤卿（蔡元培）校长地位不能动摇，假若蔡死则何如？”撤换蔡元培的消息传出，又引发一场抗议风波。6月6日，徐世昌下令由原北大工科学长胡仁源为署理北大校长，也遭到北大师生坚拒。

徐世昌、段祺瑞一直主张在和约上签字。5月23日、6月17、23日，国务院致电巴黎和会首席中国代表陆征祥，皆下达保留山东问题“如实难办到，只能签字”的指令。6月24日更通电全国：“孰权利害，再四思维，如竟不签字，则嗣后挽救惟艰”，“京师地面现已严饬主管认真办理，倘各省有不肖之徒借端煽惑，务希悉力制止”。换句话说，如敢游行示威，肯定受到镇压。政府的压内媚外态度，在此表露无遗。