當時的中央政府是個弱勢政府，兩廣、雲貴、川湘等省另組政府，不聽號令，其他地區則直、皖、奉等系軍閥各據一方，總統徐世昌、總理錢能訓皆前清官僚，並無實力。客觀環境加上徐氏個性素主調和，本該能穩妥處理。但對於手無寸鐵的學生來說，他們仍是強者，在幕後操縱政局的皖系軍閥段祺瑞，支持段氏的安福系政客翻雲覆雨，日本又頻頻施壓的情況下，政府遂傾向對內鎮壓，對外妥協，抗爭風潮因而一再被激起，使運動延續了將近兩個月。

1919年5月4日晚上，政府要員在總理錢能訓家裏開會，討論對付學生的措施。除了教育總長傅增湘外，幾乎一致主張禁止集會，嚴懲學生，罷免校長，甚至解散大學。京畿警備總司令段芝貴說：「寧可十年不要學校，不可一日容此學風！」躲在使館區豪華飯店中的曹汝霖，亦以總長身份給交通部打電話，下令各電報局不得發有關這次學潮的電報，致令學生的通電，皆由外國電報局發出。5月5日，教育部即訓令各校，查明為首滋事學生，一律開除。後來的行動表明，他們確實在貫徹這些措施，只是有些事辦不到罷了。

北京到處張貼禁止集會結社的佈告。國民外交協會早就決定5月7日（「中日二十一條」國恥紀念日）在中央公園開國民大會，當局下令禁止。當天10時起，中央公園的門被封了，天安門兩三里範圍內的交通遭斷絕，兩千多巡警，幾百馬隊，如臨大敵，衝散聚集的人群。校內集會也有軍警進來干涉。北京大學理科與商界在校內開懇親會討論提倡國貨，當局竟派三百多軍警來恫嚇、驅趕。幾乎各校都發生類似情況。北大、清華等校皆被軍警嚴密監視。

北京學生聯合會出版，並破天荒由學生親自上街販賣的《五七》日刊，不到三天，就銷了四五千份。員警廳隨即禁制、沒收，並查封印刷廠。自5月23日起，員警廳派員進駐《晨報》、《國民公報》，檢查稿件。《晨報》發表聲明：「在此監視狀態之中，凡讀者諸君極感興味極欲聞知之言論事實，不敢保其不受限制」，只能「於消極的自由範圍內，期不失本報特色。」8月30日《每週評論》也被查封。此外，政府還查禁了《民聲叢刊》、《進化雜誌》、《工人寶鑑》等書刊。5月23日的《益世報》轉載21日《新聞報》山東第五師10,080名軍人的通電，表示支持北京學生，並謂「同胞欲禦外侮，必先除去曹、章、陸、徐（樹錚）四國賊」，「軍人等惟以鐵血為諸君後盾。」當晚報社即被查封，控以妨礙治安、侮辱官吏及煽惑罪。律師劉崇佑辯護道：「報館有聞必錄乃其天職」，「國家許設報館，原使之批評時政、臧否人物……批評臧否即有是非之謂，是者不足為阿諛，非者亦不能指為謾罵」，且原載既未被控，轉載何罪？但法庭還是判了該報負責人一年徒刑。

五四運動的爆發，保守勢力紛紛歸罪於新文化運動，歸罪於支持新文化的北大校長蔡元培。蔡元培辭職，安福派喜出望外，想趁機奪取教育大權，即提出由馬其昶繼任。任命書已經蓋印，但遭教育總長傅增湘堅決反對，只好扣下不發。總理錢能訓怏怏不快說：「汝說蔡鶴卿（蔡元培）校長地位不能動搖，假若蔡死則何如？」撤換蔡元培的消息傳出，又引發一場抗議風波。6月6日，徐世昌下令由原北大工科學長胡仁源為署理北大校長，也遭到北大師生堅拒。

徐世昌、段祺瑞一直主張在和約上簽字。5月23日、6月17、23日，國務院致電巴黎和會首席中國代表陸徵祥，皆下達保留山東問題「如實難辦到，只能簽字」的指令。6月24日更通電全國：「孰權利害，再四思維，如竟不簽字，則嗣後挽救惟艱」，「京師地面現已嚴飭主管認真辦理，倘各省有不肖之徒藉端煽惑，務希悉力制止」。換句話說，如敢遊行示威，肯定受到鎮壓。政府的壓內媚外態度，在此表露無遺。