中国与印度尼西亚的友好往来和文化交流可以追溯到两千年前。《汉书‧地理志》中描述了汉代中印贸易之路途经马六甲海峡，位于海峡一侧的印度尼西亚商人很有可能与经过马六甲海峡的汉代商人作过贸易活动。魏晋南北朝是中国青瓷器发展史上的重要时期，与东南亚的交往比过去更为密切，以至赴东南亚的中国商船所载之货物，除丝绸之外，以陶瓷为大宗。二十世纪在印度尼西亚爪哇、苏门答腊等地考古发现的诸多中国六朝瓷器，说明六朝的中国陶瓷已传遍东南亚地区。

唐代是中国与印度尼西亚在佛教文化交流方面最兴盛的时期。室利佛逝和诃陵又是南海的佛学与文化中心，很多僧人在这里住下译经，或在赴印度之前，先在这里学习梵语。到过印度尼西亚的中国僧人很多，其中最著名的是义净和会宁。十世纪，爪哇岛上的东爪哇王国兴起，这就是宋代史籍称谓的“阇婆”。阇婆是当时东南亚强盛的国家之一，经济繁荣，商业发达。阇婆不仅经常派出商船到广州、泉州等中国港口贸易，而且还采取措施招徕宋商前往贸易。除此之外，宋朝与室利佛逝关系依然密切，两国贸易往来频繁。此时的室利佛逝改称“三佛齐”，国力比以前更为强大。

朱元璋自1368年建立明朝政权后，对周边国家实行和平外交政策，与周边国家建立“朝贡”制度，确立宗藩关系，加速了明朝政府与周边国家在政治、贸易、文化上的相互交流。郑和七下西洋，几乎每次都到印度尼西亚的爪哇和苏门答腊等地，同当地建立联系，进行贸易，播下友谊的种子。郑和船队在下西洋时期载回数量极多的苏泥勃青（是一种青花色料），也使得永乐、宣德年间的青花发色有别于历代青花，成为中国青花瓷生产的黄金时期。

由于两国经济交往日见频繁，华侨把制糖术、酿酒法、造纸法等先进的手工业和农业生产技术传到印度尼西亚。十七世纪以前印度尼西亚人食用的糖是棕榈糖。1637年，东印度公司决定在巴达维亚建立制糖工业，当地第一个制糖磨坊是华人容观创建的。说到酿酒，印度尼西亚人民一般从椰树或桄榔树的树梗中提取汁液，制成清甘可口的“椰花酒”。华人则把酒曲和酵母发酵糖浆酿酒的方法传入印度尼西亚。除此之外，由于大量华人从事农业生产，也将中国的犁耕传入印度尼西亚。据说十七世纪甲必丹蔡焕玉在西爪哇大力推广中国犁，至今文登一带的印度尼西亚农民还广泛使用这种中国犁，这种犁入土较浅，特别适用于旱田和果园。